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万見
- PDB-1yht: Crystal structure analysis of Dispersin B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yht
タイトルCrystal structure analysis of Dispersin B
要素DspB
キーワードHYDROLASE / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / DspB
類似検索 - 構成要素
生物種Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ramasubbu, N. / Thomas, L.M. / Ragunath, C. / Kaplan, J.B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Analysis of Dispersin B, a Biofilm-releasing Glycoside Hydrolase from the Periodontopathogen Actinobacillus actinomycetemcomitans.
著者: Ramasubbu, N. / Thomas, L.M. / Ragunath, C. / Kaplan, J.B.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003
タイトル: Detachment of Actinobacillus actinomycetemcomitans biofilm cells by an endogenous beta-hexosaminidase activity
著者: Kaplan, J.B. / Ragunath, C. / Ramasubbu, N. / Fine, D.H.
#2: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2004
タイトル: Enzymatic detachment of Staphylococcus epidermidis biofilms
著者: Kaplan, J.B. / Ragunath, C. / Velliyagounder, K. / Fine, D.H. / Ramasubbu, N.
#3: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2004
タイトル: Genes involved in the synthesis and degradation of matrix polysaccharide in Actinobacillus actinomycetemcomitans and Actinobacillus pleuropneumoniae biofilms.
著者: Kaplan, J.B. / Velliyagounder, K. / Ragunath, C. / Rhode, H. / Mack, D. / Knobloch, J.K. / Ramasubbu, N.
履歴
登録2005年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0874
ポリマ－41,8431
非ポリマー2443
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.023, 86.129, 185.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-622-

HOH

21A-641-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DspB


分子量: 41842.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア)
株: CU1000 / 遺伝子: dspB
Plasmid details: The dspB gene was inserted into pET29B with 6 His tags at the C-terminus leading to the plasmid pRC3.
プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: GenBank: 30420960, UniProt: Q840G9*PLUS, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 10000, ammonium acetate, BisTris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837, 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.9791
反射解像度: 2→23.76 Å / Num. all: 22562 / Num. obs: 21412 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→23.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.438 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The electron density for residues Tyr187, Ser188, Val189, Glu190 and Ser191 are not well resolved.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21087 1157 5.1 %RANDOM
Rwork0.15116 ---
all0.15421 22582 --
obs0.15421 21412 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.755 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2761 0 16 243 3020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222835
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.9433829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90435820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4215343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.84525.07142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.29115495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4641511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02569
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.22482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21447
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2690.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5851.52229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2441.5703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55522749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74431326
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6354.51080
LS精密化 シェル解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 99 -
Rwork0.149 1556 -
obs--99.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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