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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yhi | ||||||
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タイトル | Uncyclized precursor structure of S65A Y66S R96A GFP variant | ||||||
要素 | Green Fluorescent Protein | ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN / Chromophore / uncyclized | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Barondeau, D.P. / Kassmann, C.J. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Understanding GFP Chromophore Biosynthesis: Controlling Backbone Cyclization and Modifying Post-translational Chemistry(,). 著者: Barondeau, D.P. / Kassmann, C.J. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: Mechanism and Energetics of Green Fluorescent Protein Chromophore Synthesis Revealed by Trapped Intermediate Structures 著者: Barondeau, D.P. / Putnam, C.D. / Kassmann, C.J. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yhi.cif.gz | 59.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yhi.ent.gz | 42 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yhi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1yhi_validation.pdf.gz | 419.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1yhi_full_validation.pdf.gz | 419.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1yhi_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1yhi_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/1yhi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/1yhi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26696.949 Da / 分子数: 1 / 変異: S65A, Y66S, R96A, F99S, M153T, V163A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S65A, Y66S, R96A, F99S, M153T, V163A 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P42212 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG4000, 50 mM MgCl2, 50 mM Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.984 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.984 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 19956 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.097 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 48.259 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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