+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yhf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Conserved SPY1581 Protein of Unknown Function from Streptococcus pyogenes | ||||||
要素 | hypothetical protein SPy1581 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / conserved hypothetical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Cupin_2 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Osipiuk, J. / Lezondra, L. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: X-ray crystal structure of conserved hypothetical SPy1581 protein from Streptococcus pyogenes. 著者: Osipiuk, J. / Lezondra, L. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yhf.cif.gz | 33.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1yhf.ent.gz | 25.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yhf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1yhf_validation.pdf.gz | 415.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1yhf_full_validation.pdf.gz | 415.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1yhf_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1yhf_validation.cif.gz | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/1yhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/1yhf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
2 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12931.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 株: M1 GAS / 遺伝子: SPy1581 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99YR1 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / pH: 4.5 詳細: 30% PEG 3000, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 4.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97946 |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月2日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 8535 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 23.4 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 33.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.746 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / % possible all: 94.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing dm shell |
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→39.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / SU B: 5.982 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: ALL DATA WERE USED IN FINAL ROUND OF REFINEMENT. R-FACTOR-ALL CORRESPONDS TO DEPOSITED FILE. R- FACTORS, R-WORK AND R-FREE, ARE TAKEN FROM SECOND TO LAST ROUND OF REFINEMENT WHICH USED TEST DATA SET.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.75 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.9 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 22.7025 Å / Origin y: 14.9165 Å / Origin z: 27.3086 Å
|