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万見
- PDB-1ygz: Crystal Structure of Inorganic Pyrophosphatase from Helicobacter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ygz
タイトルCrystal Structure of Inorganic Pyrophosphatase from Helicobacter pylori
要素Inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wu, C.A. / Lokanath, N.K. / Kim, D.Y. / Park, H.J. / Hwang, H.Y. / Kim, S.T. / Suh, S.W. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of inorganic pyrophosphatase from Helicobacter pylori.
著者: Wu, C.A. / Lokanath, N.K. / Kim, D.Y. / Park, H.J. / Hwang, H.Y. / Kim, S.T. / Suh, S.W. / Kim, K.K.
履歴
登録2005年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase
D: Inorganic pyrophosphatase
E: Inorganic pyrophosphatase
F: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9136
ポリマ－116,9136
非ポリマー00
水8,035446
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Inorganic pyrophosphatase
F: Inorganic pyrophosphatase

E: Inorganic pyrophosphatase
F: Inorganic pyrophosphatase

E: Inorganic pyrophosphatase
F: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9136
ポリマ－116,9136
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area14360 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area37700 Å2
手法PISA, PQS
3
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase

A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase

A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9136
ポリマ－116,9136
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
手法PQS
4
C: Inorganic pyrophosphatase
D: Inorganic pyrophosphatase

C: Inorganic pyrophosphatase
D: Inorganic pyrophosphatase

C: Inorganic pyrophosphatase
D: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9136
ポリマ－116,9136
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)115.055, 115.055, 73.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質
Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho- hydrolase / PPase


分子量: 19485.520 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P56153, inorganic diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: MPD, imidazole, magnesium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 0.9797, 0.9799, 0.9740
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
20.97991
30.9741
反射解像度: 2.6→30 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible obs: 88.1 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHTOUT / σ(F): 0
詳細: THIS IS A TWINNED STRUCTURE. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (H,-H-K,-L) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.5. THE R-FACTOR IS 0.203 AND THE R-FREE IS 0.262 WHEN THIS TWINNING OPERATOR IS USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 3117 9.3 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all-33539 --
obs-33036 98.5 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.054 Å2-1.797 Å20 Å2
2--2.054 Å20 Å2
3----4.108 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8106 0 0 446 8552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.923
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.11
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.064
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.049
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2748 3053 -
Rfree-260 7.84 %
obs--92.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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