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- PDB-1ygw: NMR STRUCTURE OF RIBONUCLEASE T1, 34 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ygw
タイトルNMR STRUCTURE OF RIBONUCLEASE T1, 34 STRUCTURES
要素RIBONUCLEASE T1
キーワードHYDROLASE / RIBONUCLEASE / ENDONUCLEASE / RIBONUCLEASE T1 PRECURSOR / ENDORIBONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hyphal tip / ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / cell septum / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanyl-specific ribonuclease T1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法溶液NMR / VARIABLE TARGET FUNCTION
データ登録者Pfeiffer, S. / Karimi-Nejad, Y. / Ruterjans, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Limits of NMR structure determination using variable target function calculations: ribonuclease T1, a case study.
著者: Pfeiffer, S. / Karimi-Nejad, Y. / Ruterjans, H.
#1: ジャーナル: Q.Magn.Reson.Biol.Med. / 年: 1996
タイトル: Complete 1H, 15N and 13C Resonance Assignment of Ribonuclease T1: Secondary Structure and Backbone Dynamics as Derived from the Chemical Shifts
著者: Pfeiffer, S. / Engelke, J. / Ruterjans, H.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Conformation of Valine Side Chains in Ribonuclease T1 Determined by NMR Studies of Homonuclear and Heteronuclear 3J Coupling Constants
著者: Karimi-Nejad, Y. / Schmidt, J.M. / Ruterjans, H. / Schwalbe, H. / Griesinger, C.
履歴
登録1996年9月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE T1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0951
ポリマ－11,0951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)34 / 50SEE JRNL REFERENCE
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE T1 / GUANYLORIBONUCLEASE / RNASE T1


分子量: 11094.694 Da / 分子数: 1 / 変異: ISOENZYME WITH LYSINE AT POSITION 25 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: RIBONUCLEASE T1 / プラスミド: PA2T1-1 / 遺伝子 (発現宿主): RIBONUCLEASE T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 ALPHA / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 5.5 / 温度: 313 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
DIANAWUTHRICH精密化
DIANA構造決定
精密化手法: VARIABLE TARGET FUNCTION / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: SEE JRNL REFERENCE / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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