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万見
- PDB-1ygs: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMAD4 TUMOR SUPPRESSOR C-TERMINAL DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ygs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE SMAD4 TUMOR SUPPRESSOR C-TERMINAL DOMAIN
要素SMAD4
キーワードTUMOUR SUPPRESSOR / SMAD4 / TUMOR SUPPRESSOR C-TERMINAL DOMAIN / TGF-BETA SIGNAL MEDIATOR / BETA-SANDWICH SCAFFOLD WITH A THREE-HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / activin responsive factor complex / atrioventricular valve formation / mesendoderm development / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer ...positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / activin responsive factor complex / atrioventricular valve formation / mesendoderm development / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / regulation of hair follicle development / sebaceous gland development / SMAD protein complex / positive regulation of luteinizing hormone secretion / filamin binding / formation of anatomical boundary / RUNX2 regulates bone development / heteromeric SMAD protein complex / epithelial cell migration / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / regulation of transforming growth factor beta2 production / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / neuron fate specification / response to transforming growth factor beta / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / secondary palate development / brainstem development / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / atrioventricular canal development / cardiac conduction system development / sulfate binding / Germ layer formation at gastrulation / seminiferous tubule development / cellular response to BMP stimulus / Formation of definitive endoderm / SMAD protein signal transduction / Signaling by BMP / Signaling by Activin / activin receptor signaling pathway / Signaling by NODAL / outflow tract septum morphogenesis / gastrulation with mouth forming second / I-SMAD binding / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / TGFBR3 expression / Cardiogenesis / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / endothelial cell activation / neural crest cell differentiation / embryonic digit morphogenesis / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / uterus development / R-SMAD binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of SMAD protein signal transduction / epithelial to mesenchymal transition / developmental growth / anatomical structure morphogenesis / BMP signaling pathway / single fertilization / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / ovarian follicle development / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / collagen binding / extrinsic apoptotic signaling pathway / ERK1 and ERK2 cascade / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / axon guidance / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / transcription corepressor binding / cellular response to glucose stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of cell growth / negative regulation of protein catabolic process / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of miRNA transcription / transcription coactivator binding / osteoblast differentiation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / intracellular iron ion homeostasis
類似検索 - 分子機能
Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type ...Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / SMAD/FHA domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mothers against decapentaplegic homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shi, Y. / Hata, A. / Lo, R.S. / Massague, J. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: A structural basis for mutational inactivation of the tumour suppressor Smad4.
著者: Shi, Y. / Hata, A. / Lo, R.S. / Massague, J. / Pavletich, N.P.
履歴
登録1997年10月3日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMAD4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5111
ポリマ－25,5111
非ポリマー00
水2,486138
1
A: SMAD4

A: SMAD4

A: SMAD4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5333
ポリマ－76,5333
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation83_555y,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation32_555-z+1/2,x,-y+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)197.842, 197.842, 197.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132

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要素

#1: タンパク質 SMAD4 / DPC4 / HMAD4 / MADR4


分子量: 25511.090 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 319 - 552 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 (DE3)
細胞内の位置: CYTOPLASM (CAN BE TRANSLOCATED INTO NUCLEUS)
プラスミド: BL21 / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13485
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 100 MM NAMES, PH6.5, 25% PEG MONOMETHYLETHER 5000, 5 MM DTT, 200 MM (NH4)2SO4
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110-15 mg/mlprotein1drop
2100 mMMES1reservoir
325 %mPEG50001reservoir
4200 mMammonium sulfate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
検出器検出器: CCD / 日付: 1997年7月4日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→99 Å / Num. obs: 18650 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Rsym value: 0.162 / % possible all: 93.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 30691 / Rmerge(I) obs: 0.065

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解析

ソフトウェア
名称分類
直接法モデル構築
SQUASH位相決定
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→6 Å / 交差検証法: R FACTOR / σ(F): 4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 742 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 16157 86.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1522 0 0 156 1678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.538
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 90 5 %
Rwork0.316 1677 -
obs--82 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WAT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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