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- PDB-1yfr: crystal structure of alanyl-tRNA synthetase in complex with ATP a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yfr
タイトルcrystal structure of alanyl-tRNA synthetase in complex with ATP and magnesium
要素Alanyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / alpha-beta fold / bent ATP conformation / magnesium bridge
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD ...Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Alanine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Swairjo, M.A. / Schimmel, P.R.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Breaking sieve for steric exclusion of a noncognate amino acid from active site of a tRNA synthetase.
著者: Swairjo, M.A. / Schimmel, P.R.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Alanyl-tRNA synthetase crystal structure and design for acceptor-stem recognition.
著者: Swairjo, M.A. / Otero, F.J. / Yang, X.-L. / Lovato, M.A. / Skene, R.J. / McRee, D.E. / Ribas de Pouplana, L. / Schimmel, P.
履歴
登録2005年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月26日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn ...pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanyl-tRNA synthetase
B: Alanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,70510
ポリマ－107,5442
非ポリマー1,1608
水3,423190
1
A: Alanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3525
ポリマ－53,7721
非ポリマー5804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3525
ポリマ－53,7721
非ポリマー5804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.602, 73.926, 73.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alanyl-tRNA synthetase / Alanine-tRNA ligase / AlaRS


分子量: 53772.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: alaS / プラスミド: PET20B+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O67323, alanine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: PEG 5000 monomethyl ether, NaCl, Tris-Cl, Tris-base, ATP, MgCl2, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月15日 / 詳細: curved crystal
放射モノクロメーター: curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 50235 / Num. obs: 50235 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Num. unique all: 5064 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RIQ

1riq


解像度: 2.15→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 4965 -random
Rwork0.194 ---
all0.2 49362 --
obs0.2 50235 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7282 0 68 190 7540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.056

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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