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- PDB-1yfh: wt Human O6-Alkylguanine-DNA Alkyltransferase Bound To DNA Contai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yfh
タイトルwt Human O6-Alkylguanine-DNA Alkyltransferase Bound To DNA Containing an Alkylated Cytosine
要素
  • 5'-D(*CP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*(XCY)P*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*T)-3'
  • Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE/DNA / protein-DNA complex / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


MGMT-mediated DNA damage reversal / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / positive regulation of double-strand break repair / methyltransferase activity / methylation / DNA repair / negative regulation of apoptotic process ...MGMT-mediated DNA damage reversal / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / positive regulation of double-strand break repair / methyltransferase activity / methylation / DNA repair / negative regulation of apoptotic process / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain ...Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Duguid, E.M. / Rice, P.A. / He, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The structure of the human AGT protein bound to DNA and its implications for damage detection.
著者: Duguid, E.M. / Rice, P.A. / He, C.
履歴
登録2004年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*(XCY)P*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*T)-3'
E: 5'-D(*CP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*A)-3'
F: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*(XCY)P*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*T)-3'
G: 5'-D(*CP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*A)-3'
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
B: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
C: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,69710
ポリマ－77,5017
非ポリマー1963
水1086
1
D: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*(XCY)P*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*T)-3'
E: 5'-D(*CP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*A)-3'
C: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1994
ポリマ－29,1343
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*(XCY)P*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*T)-3'
G: 5'-D(*CP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*A)-3'
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1994
ポリマ－29,1343
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2992
ポリマ－19,2331
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.150, 102.710, 87.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The DNA bound to monomer B is completed by two fold axis -x +1, y +.5, -z +2.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*(XCY)P*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*T)-3'


分子量: 5144.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: oligonucleotide synthesized by automated phosphoramidite technique containing unatural base
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*A)-3'


分子量: 4756.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: oligonucleotide synthesized by automated phosphoramidite technique
#3: タンパク質 Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 2.1.1.63 / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase


分子量: 19233.285 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGMT / プラスミド: pGEX-6P-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P16455, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: PEG 4000, sodium chloride, citrate, magnesium chloride, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2sodium chloride11
3citrate11
4magnesium chloride11
5H2O11
6PEG 400012
7sodium chloride12
8citrate12
9magnesium chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月4日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: bent Ge (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 19770 / Num. obs: 19448 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3→3.09 Å / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1T38

1t38


解像度: 3.01→29.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 628363.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 835 4.8 %RANDOM
Rwork0.246 ---
all0.248 19769 --
obs0.246 17404 88 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.7255 Å2 / ksol: 0.311532 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 76.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.14 Å20 Å219.18 Å2
2---33.9 Å20 Å2
3---20.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.48 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.92 Å0.85 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→29.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3621 1316 3 6 4946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
LS精密化 シェル解像度: 3.01→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.477 94 4.3 %
Rwork0.415 2101 -
obs--66.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DNA_CSTAR.PARAMDNA_CSTAR.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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