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万見
- PDB-1yem: Conserved hypothetical protein Pfu-838710-001 from Pyrococcus furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yem
タイトルConserved hypothetical protein Pfu-838710-001 from Pyrococcus furiosus
要素Conserved hypothetical protein Pfu-838710-001
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG / Protein Structure Initiative / PSI / conserved hypothetical protein / Pyrococcus furiosus / hyperthermophile
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylyl cyclase CyaB / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / CYTH / CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CYTH domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAS / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yang, H. / Chang, J. / Shah, A. / Ng, J.D. / Liu, Z.-J. / Chen, L. / Lee, D. / Tempel, W. / Praissman, J.L. / Lin, D. ...Yang, H. / Chang, J. / Shah, A. / Ng, J.D. / Liu, Z.-J. / Chen, L. / Lee, D. / Tempel, W. / Praissman, J.L. / Lin, D. / Arendall III, W.B. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Jenney Jr., F.E. / Adams, M.W.W. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Conserved hypothetical protein Pfu-838710-001 from Pyrococcus furiosus
著者: Yang, H. / Chang, J. / Shah, A. / Ng, J.D. / Liu, Z.-J. / Chen, L. / Lee, D. / Tempel, W. / Praissman, J.L. / Lin, D. / Arendall III, W.B. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Jenney Jr., ...著者: Yang, H. / Chang, J. / Shah, A. / Ng, J.D. / Liu, Z.-J. / Chen, L. / Lee, D. / Tempel, W. / Praissman, J.L. / Lin, D. / Arendall III, W.B. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Jenney Jr., F.E. / Adams, M.W.W. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.
履歴
登録2004年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年1月11日ID: 1XKC
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved hypothetical protein Pfu-838710-001
B: Conserved hypothetical protein Pfu-838710-001
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,03410
ポリマ－42,8392
非ポリマー1958
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area15910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.016, 97.016, 127.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細not known

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要素

#1: タンパク質 Conserved hypothetical protein Pfu-838710-001


分子量: 21419.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0863 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U2H2
#2: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.59 %
結晶化温度: 313 K / 手法: modified microbatch / pH: 7.9
詳細: 1.2M sodium dihydrogen phosphate, 1.2M potassium dihydrogen sulfate, 0.1M TRIS, pH 7.9, modified microbatch, temperature 313K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.06 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 28161 / % possible obs: 89.2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.338
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allΧ2% possible all
2.3-2.380.1612870.78741.5
2.38-2.480.17120060.71464.4
2.48-2.590.15926970.886.3
2.59-2.730.15630600.79598.5
2.73-2.90.12231280.87100
2.9-3.120.08931340.993100
3.12-3.440.06731381.295100
3.44-3.930.06231701.497100
3.93-4.950.06132042.063100
4.95-400.05733371.99499.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 3.7 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.43 / 反射: 7306
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
11.62-200.42349
7.92-11.620.47665
6.37-7.920.48812
5.47-6.370.45909
4.86-5.470.451019
4.43-4.860.431123
4.09-4.430.41185
3.82-4.090.41244
Phasing dmFOM : 0.58 / FOM acentric: 0.61 / FOM centric: 0.37 / 反射: 8579 / Reflection acentric: 7504 / Reflection centric: 1075
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
10-13.9540.840.840.5126618878
6.3-100.750.810.491237994243
5-6.30.690.740.3714911290201
4.4-50.690.720.414651297168
3.8-4.40.580.610.3125682313255
3.5-3.80.210.210.1515521422130

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.03位相決定
RESOLVE2.03位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1データ抽出
精密化構造決定の手法: SAS / 解像度: 2.3→37.932 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.266 / WRfactor Rwork: 0.228 / SU B: 6.057 / SU ML: 0.145 / SU R Cruickshank DPI: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2578 1450 5.16 %Thin shells
Rwork0.2228 ---
all0.225 ---
obs0.22461 28102 89.468 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.002 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.283 Å20.642 Å20 Å2
2--1.283 Å20 Å2
3----1.925 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.932 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2696 0 8 17 2721
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222754
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1531.9643726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.68335835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7555327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.18324.825143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64515488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0531514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02577
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1690.22322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.21712
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1020.252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0530.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2480.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2040.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.21621693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4222666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.41732657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.91232230
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.91421218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.55922318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.14131069
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4433605
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.360.415580.294848228739.615
2.36-2.4240.291580.2951185223455.64
2.424-2.4940.339870.3011467214872.346
2.494-2.570.337870.2891751211187.068
2.57-2.6540.307870.2851888203297.195
2.654-2.7470.3631160.2831843196999.492
2.747-2.850.263870.27918531940100
2.85-2.9660.3291160.27317331849100
2.966-3.0970.329870.2616681755100
3.097-3.2470.296870.23816181705100
3.247-3.4210.26870.21215311618100
3.421-3.6270.261580.22414731531100
3.627-3.8750.253870.20113681455100
3.875-4.1810.22580.18112801338100
4.181-4.5750.189870.16111731260100
4.575-5.1060.189580.1610911149100
5.106-5.8780.256290.2149791008100
5.878-7.1560.258580.234821879100
7.156-9.9450.252290.209674703100
9.945-37.9320.205290.28340843999.544

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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