+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yel | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the hypothetical Arabidopsis thaliana protein At1g16640.1 | ||||||
要素 | At1g16640 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / CESG / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Automated methods were used for backbone chemical shift assignment, iterative NOE refinement. Final structures were obtained by molecular dynamics in explicit solvent. | ||||||
データ登録者 | Peterson, F.C. / Waltner, J.K. / Lytle, B.L. / Volkman, B.F. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005 タイトル: Structure of the B3 domain from Arabidopsis thaliana protein At1g16640 著者: Waltner, J.K. / Peterson, F.C. / Lytle, B.L. / Volkman, B.F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yel.cif.gz | 662.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1yel.ent.gz | 552.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yel.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/1yel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/1yel | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12179.882 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 1-102 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009[pREP4] / 参照: UniProt: Q9FX77 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: All triple-resonance and NOESY spectra were acquired using a cryogenic probe. |
-試料調製
詳細 | 内容: 0.8 mM At1g16640 U-15N,13C, 20 mM PO4, 50 mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 70 mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: Automated methods were used for backbone chemical shift assignment, iterative NOE refinement. Final structures were obtained by molecular dynamics in explicit solvent. ソフトェア番号: 1 詳細: Structures are based on a total of 1294 NOE restraints (241 intra, 301 sequential, 193 medium, and 559 long range), and 144 phi and psi dihedral angle constraints. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |