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- PDB-1ydw: X-RAY STRUCTURE OF GENE PRODUCT FROM ARABIDOPSIS THALIANA AT4G09670 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ydw
タイトルX-RAY STRUCTURE OF GENE PRODUCT FROM ARABIDOPSIS THALIANA AT4G09670
要素AX110P-like protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / AT4G09670
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...: / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized oxidoreductase At4g09670
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.488 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: X-RAY STRUCTURE OF GENE PRODUCT FROM ARABIDOPSIS THALIANA AT4G09670
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
履歴
登録2004年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AX110P-like protein
B: AX110P-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6872
ポリマ－79,6872
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area26930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.197, 107.663, 129.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AX110P-like protein


分子量: 39843.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At4g09670 / プラスミド: PVP-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9SZ83
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
解説: UNMODELED DENSITY APPEARS IN BOTH SUBUNITS IN THE REGION BETWEEN LYS 43 TYR 63 PROBABLY DUE TO NADP.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 15% PEG4K, 0.168 M SODIUM CHLORIDE, 0.050 M PIPES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月24日 / 詳細: BENT CYLINDRICAL SI-MIRROR (RH COATING)
放射モノクロメーター: Diamond (111) double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.488→33.749 Å / Num. obs: 29008 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.245
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allΧ2% possible all
2.488-2.598.60.2984.32124390.66384.5
2.59-2.690.26328690.7698.8
2.69-2.820.24328920.7999.7
2.82-2.960.19629160.91699.9
2.96-3.150.16129011.039100
3.15-3.390.12929521.096100
3.39-3.730.11129361.051100
3.73-4.270.08829571.131100
4.27-5.380.0830021.109100
5.38-500.07731441.15799.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.49 Å / D res low: 33.75 Å / FOM : 0.3 / 反射: 26731
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
157.03920.02124.613SE41.20.76
231.9192.0946.748SE27.40.72
33.20717.87121.74SE33.50.73
427.40289.9754.131SE450.87
57.96316.19919.745SE38.40.63
63.40573.40529.672SE43.10.64
736.71393.7468.602SE18.60.42
854.36572.3726.491SE27.50.44
925.532101.51419.503SE38.90.49
1051.9590.78522.237SE40.70.45
1123.0332.1764.792SE48.80.54
1254.51410.0098.281SE53.80.54
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
8.89-33.750.391424
5.63-8.890.432431
4.41-5.630.393086
3.75-4.410.353580
3.31-3.750.323966
3-3.310.274200
2.76-30.214232
2.57-2.760.163812
Phasing dmFOM : 0.65 / FOM acentric: 0.66 / FOM centric: 0.64 / 反射: 26733 / Reflection acentric: 23805 / Reflection centric: 2928
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-29.7340.920.920.771298939359
4.4-7.10.860.890.7339623318644
3.6-4.40.840.860.7448804282598
3.1-3.60.720.730.6547704305465
2.7-3.10.510.510.4678477235612
2.5-2.70.350.350.3739763726250

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.488→31.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / WRfactor Rfree: 0.283 / WRfactor Rwork: 0.218 / SU B: 10.133 / SU ML: 0.229 / SU R Cruickshank DPI: 0.552 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.552 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, SELENIUM C COEFFICIENT FOR STRUCTURE FACTOR CALCULATION SET TO -9.0000, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28254 1472 5.1 %RANDOM
Rwork0.21822 ---
all0.22155 ---
obs-27390 98.351 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.072 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.389 Å20 Å20 Å2
2--2.068 Å20 Å2
3----3.457 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.488→31.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5340 0 0 123 5463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0225453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.051.9547408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0415689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.31824.554224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.9315919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0431525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2770.22846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.23753
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2160.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.340.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.75723550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.21645566
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.82662195
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.87881842
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.488-2.5530.374860.2851651212781.664
2.553-2.6220.4071010.2551915207597.157
2.622-2.6970.327950.2441889200399.051
2.697-2.780.3521060.2661870197999.848
2.78-2.870.3241000.2441772187399.947
2.87-2.970.317870.2331756184599.892
2.97-3.0810.303840.22617061790100
3.081-3.2060.314870.21716201707100
3.206-3.3470.245760.21515721648100
3.347-3.5080.259810.20915121593100
3.508-3.6950.265760.21314351511100
3.695-3.9160.252790.20213531432100
3.916-4.1810.226950.19112711366100
4.181-4.5090.233540.18912001254100
4.509-4.930.224510.1841131118399.915
4.93-5.4940.273640.2079961060100
5.494-6.3110.315480.224914962100
6.311-7.6510.28440.232792836100
7.651-10.5060.245360.16862366099.848
10.506-31.060.424220.34441244298.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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