PDB-1ydw: X-RAY STRUCTURE OF GENE PRODUCT FROM ARABIDOPSIS THALIANA AT4G09670

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ydw

タイトル

X-RAY STRUCTURE OF GENE PRODUCT FROM ARABIDOPSIS THALIANA AT4G09670

要素

AX110P-like protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / AT4G09670

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.488 Å

データ登録者

Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: X-RAY STRUCTURE OF GENE PRODUCT FROM ARABIDOPSIS THALIANA AT4G09670
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

履歴

登録	2004年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ydw.cif.gz	143.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ydw.ent.gz	118.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ydw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ydw_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ydw_full_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示
XML形式データ	1ydw_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	1ydw_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/1ydw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/1ydw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4afu-d 2862 4s37-1 4gmf-2 5kqd-1 4afq-d 3o1d-1 3cx3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.19812

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AX110P-like protein

B: AX110P-like protein

79.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.197, 107.663, 129.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AX110P-like protein 分子量: 39843.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At4g09670 / プラスミド: PVP-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9SZ83
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.75 % 解説: UNMODELED DENSITY APPEARS IN BOTH SUBUNITS IN THE REGION BETWEEN LYS 43 TYR 63 PROBABLY DUE TO NADP.
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 15% PEG4K, 0.168 M SODIUM CHLORIDE, 0.050 M PIPES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.97927 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月24日 / 詳細: BENT CYLINDRICAL SI-MIRROR (RH COATING)

放射

モノクロメーター: Diamond (111) double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97927 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.488→33.749 Å / Num. obs: 29008 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Χ²: 0.999 / Net I/σ(I): 13.245

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Χ²	% possible all
2.488-2.59	8.6	0.298	4.321	2439	0.663	84.5
2.59-2.69		0.263		2869	0.76	98.8
2.69-2.82		0.243		2892	0.79	99.7
2.82-2.96		0.196		2916	0.916	99.9
2.96-3.15		0.161		2901	1.039	100
3.15-3.39		0.129		2952	1.096	100
3.39-3.73		0.111		2936	1.051	100
3.73-4.27		0.088		2957	1.131	100
4.27-5.38		0.08		3002	1.109	100
5.38-50		0.077		3144	1.157	99.4

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.49 Å / D res low: 33.75 Å / FOM : 0.3 / 反射: 26731

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	57.039	20.021	24.613	SE	41.2	0.76
2	31.91	92.094	6.748	SE	27.4	0.72
3	3.207	17.871	21.74	SE	33.5	0.73
4	27.402	89.975	4.131	SE	45	0.87
5	7.963	16.199	19.745	SE	38.4	0.63
6	3.405	73.405	29.672	SE	43.1	0.64
7	36.713	93.746	8.602	SE	18.6	0.42
8	54.365	72.372	6.491	SE	27.5	0.44
9	25.532	101.514	19.503	SE	38.9	0.49
10	51.959	0.785	22.237	SE	40.7	0.45
11	23.033	2.176	4.792	SE	48.8	0.54
12	54.514	10.009	8.281	SE	53.8	0.54

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.89-33.75	0.39	1424
5.63-8.89	0.43	2431
4.41-5.63	0.39	3086
3.75-4.41	0.35	3580
3.31-3.75	0.32	3966
3-3.31	0.27	4200
2.76-3	0.21	4232
2.57-2.76	0.16	3812

Phasing dm

FOM : 0.65 / FOM acentric: 0.66 / FOM centric: 0.64 / 反射: 26733 / Reflection acentric: 23805 / Reflection centric: 2928

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.1-29.734	0.92	0.92	0.77	1298	939	359
4.4-7.1	0.86	0.89	0.73	3962	3318	644
3.6-4.4	0.84	0.86	0.74	4880	4282	598
3.1-3.6	0.72	0.73	0.65	4770	4305	465
2.7-3.1	0.51	0.51	0.46	7847	7235	612
2.5-2.7	0.35	0.35	0.37	3976	3726	250

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.488→31.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / WR_factor R_free: 0.283 / WR_factor R_work: 0.218 / SU B: 10.133 / SU ML: 0.229 / SU R Cruickshank DPI: 0.552 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.552 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, SELENIUM C COEFFICIENT FOR STRUCTURE FACTOR CALCULATION SET TO -9.0000, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28254	1472	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21822	-	-	-
all	0.22155	-	-	-
obs	-	27390	98.351 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.072 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.389 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.068 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.457 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.488→31.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5340	0	0	123	5463

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	5453
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.05	1.954	7408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.041	5	689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.318	24.554	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.93	15	919
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.043	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.162	0.2	854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4061
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.277	0.2	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.326	0.2	3753
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.238	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.34	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.757	2	3550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.216	4	5566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.826	6	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.878	8	1842

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.488-2.553	0.374	86	0.285	1651	2127	81.664
2.553-2.622	0.407	101	0.255	1915	2075	97.157
2.622-2.697	0.327	95	0.244	1889	2003	99.051
2.697-2.78	0.352	106	0.266	1870	1979	99.848
2.78-2.87	0.324	100	0.244	1772	1873	99.947
2.87-2.97	0.317	87	0.233	1756	1845	99.892
2.97-3.081	0.303	84	0.226	1706	1790	100
3.081-3.206	0.314	87	0.217	1620	1707	100
3.206-3.347	0.245	76	0.215	1572	1648	100
3.347-3.508	0.259	81	0.209	1512	1593	100
3.508-3.695	0.265	76	0.213	1435	1511	100
3.695-3.916	0.252	79	0.202	1353	1432	100
3.916-4.181	0.226	95	0.191	1271	1366	100
4.181-4.509	0.233	54	0.189	1200	1254	100
4.509-4.93	0.224	51	0.184	1131	1183	99.915
4.93-5.494	0.273	64	0.207	996	1060	100
5.494-6.311	0.315	48	0.224	914	962	100
6.311-7.651	0.28	44	0.232	792	836	100
7.651-10.506	0.245	36	0.168	623	660	99.848
10.506-31.06	0.424	22	0.344	412	442	98.19

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