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- PDB-1yca: DISTAL POCKET POLARITY IN LIGAND BINDING TO MYOGLOBIN: DEOXY AND ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yca
タイトルDISTAL POCKET POLARITY IN LIGAND BINDING TO MYOGLOBIN: DEOXY AND CARBONMONOXY FORMS OF A THREONINE68 (E11) MUTANT INVESTIGATED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY AND INFRARED SPECTROSCOPY
要素MYOGLOBIN
キーワードOXYGEN STORAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


Intracellular oxygen transport / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding ...Intracellular oxygen transport / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cameron, A.D. / Smerdon, S.J. / Wilkinson, A.J. / Habash, J. / Helliwell, J.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Distal pocket polarity in ligand binding to myoglobin: deoxy and carbonmonoxy forms of a threonine68(E11) mutant investigated by X-ray crystallography and infrared spectroscopy.
著者: Cameron, A.D. / Smerdon, S.J. / Wilkinson, A.J. / Habash, J. / Helliwell, J.R. / Li, T. / Olson, J.S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: High Resolution X-Ray Structures of Pig Metmyoglobin and Two Cd3 Mutants Mb(Lys45-> Arg) and Mb(Lys45-> Ser)
著者: Oldfield, T.J. / Smerdon, S.J. / Dauter, Z. / Petratos, K. / Wilson, K.S. / Wilkinson, A.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Distal Polarity in Ligand Binding to Myoglobin: Structural and Functional Characterization of a Threonine68(E11) Mutant
著者: Smerdon, S.J. / Dodson, G.G. / Wilkinson, A.J. / Gibson, Q.H. / Blackmore, R.S. / Carver, T.E. / Olson, J.S.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1990
タイトル: Determination of the Crystal Structure of Recombinant Pig Myoglobin by Molecular Replacement and its Refinement
著者: Smerdon, S.J. / Oldfield, T.J. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Hubbard, R.E. / Wilkinson, A.J.
#4: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1988
タイトル: Apomyoglobin as a Molecular Recognition Surface: Expression, Reconstitution and Crystallisation of Recombinant Porcine Myoglobin in Escherichia Coli
著者: Dodson, G.G. / Hubbard, R.E. / Oldfield, T.J. / Smerdon, S.J. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録1993年8月10日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
B: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2606
ポリマ－33,9712
非ポリマー1,2894
水1,928107
1
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6303
ポリマ－16,9851
非ポリマー6442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6303
ポリマ－16,9851
非ポリマー6442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.200, 42.500, 92.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: PHE A 151 - GLN A 152 OMEGA ANGLE = 146.397 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN


分子量: 16985.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02189
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: under 1 atm of argon, buffers were preequilibrated with CO
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMsodium phosphate1drop
270-80 %ammonium sulfate1drop
35-6 mg/mlprotein1drop
4sodium dithionite1drop50-fold molar excess

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 17828 / Rmerge(I) obs: 0.087

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.9→8 Å / σ(F): 0
詳細: THE DATA ARE 72% COMPLETE. HOWEVER, ONLY 39% OF REFLECTIONS ARE PRESENT BETWEEN INFINITY AND 2DMIN. AS A RESULT THE ELECTRON DENSITY MAPS HAVE BREAKS PERIODICALLY ALONG THE MAIN CHAIN. ATOMS ...詳細: THE DATA ARE 72% COMPLETE. HOWEVER, ONLY 39% OF REFLECTIONS ARE PRESENT BETWEEN INFINITY AND 2DMIN. AS A RESULT THE ELECTRON DENSITY MAPS HAVE BREAKS PERIODICALLY ALONG THE MAIN CHAIN. ATOMS WHICH COULD NOT BE OBSERVED IN ANY MAP HAVE BEEN ASSIGNED AN OCCUPANCY OF 0.0. DURING THE COURSE OF REFINEMENT REASONABLY TIGHT RESTRAINTS WERE APPLIED TO THE GEOMETRY WHILE MOST ATTENTION WAS PAID TO THE HAEM GROUP AND ITS ENVIRONMENT. THIS STRATEGY WAS ADOPTED AS THE PURPOSE OF THE STUDY WAS TO DEFINE THE HAEM POCKET AND THE STEREOCHEMISTRY OF THE BOUND LIGAND.
Rfactor反射数
obs0.189 17767
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2394 0 90 107 2591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0540.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0790.06
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.9091
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.4961.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.9531.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.0322
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1440.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2150.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2240.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2270.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.64320
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.6120
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor40.5520
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 17767 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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