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- PDB-1yc2: Sir2Af2-NAD-ADPribose-nicotinamide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yc2
タイトルSir2Af2-NAD-ADPribose-nicotinamide
要素NAD-dependent deacetylase 2
キーワードHYDROLASE / sir2 / sirtuin / nicotinamide / NAD / ADPribose / ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone deacetylase activity, NAD-dependent / NAD+ binding / transferase activity / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class U / Sirtuin, class III / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. ...Sirtuin, class U / Sirtuin, class III / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / NAD-dependent protein deacylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Avalos, J.L. / Bever, M.K. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Mechanism of Sirtuin Inhibition by Nicotinamide: Altering the NAD(+) Cosubstrate Specificity of a Sir2 Enzyme.
著者: Avalos, J.L. / Bever, K.M. / Wolberger, C.
履歴
登録2004年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent deacetylase 2
B: NAD-dependent deacetylase 2
C: NAD-dependent deacetylase 2
D: NAD-dependent deacetylase 2
E: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,54243
ポリマ－142,6855
非ポリマー6,85738
水4,486249
1
A: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,83210
ポリマ－28,5371
非ポリマー1,2959
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,37612
ポリマ－28,5371
非ポリマー1,83911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0348
ポリマ－28,5371
非ポリマー1,4977
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8948
ポリマ－28,5371
非ポリマー1,3577
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4065
ポリマ－28,5371
非ポリマー8694
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子

A: NAD-dependent deacetylase 2
B: NAD-dependent deacetylase 2
C: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,13638
ポリマ－114,1484
非ポリマー5,98834
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19820 Å2
ΔGint-286 kcal/mol
Surface area40370 Å2
手法PISA
7
A: NAD-dependent deacetylase 2
C: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,86618
ポリマ－57,0742
非ポリマー2,79216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area22070 Å2
手法PISA
8
B: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子

D: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,27020
ポリマ－57,0742
非ポリマー3,19618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area8100 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area22470 Å2
手法PISA
9
A: NAD-dependent deacetylase 2
B: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,20822
ポリマ－57,0742
非ポリマー3,13420
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area22450 Å2
手法PISA
10
C: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子

D: NAD-dependent deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,92816
ポリマ－57,0742
非ポリマー2,85414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area7330 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area22350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.122, 181.562, 79.025
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
NAD-dependent deacetylase 2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2 / SIR2-Af2


分子量: 28537.006 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: npdA2 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLysS
参照: UniProt: O30124, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 10種, 287分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド


分子量: 122.125 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O / コメント: 薬剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#10: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: HEPES, ammonium sulfate, PEG400, nicotinamide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.099997 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月20日
放射モノクロメーター: 2 CRYSTAL SI MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.099997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 59851 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 82.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2551 3011 -RANDOM
Rwork0.2093 ---
all0.2122 59933 --
obs0.2118 59360 97.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9745 0 415 249 10409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006476
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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