PDB-1ybz: Conserved hypothetical protein from Pyrococcus furiosus Pfu-15819...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ybz

タイトル

Conserved hypothetical protein from Pyrococcus furiosus Pfu-1581948-001

要素

chorismate mutase

キーワード

ISOMERASE / conserved hypothetical protein / Pyrococcus furiosus / hyperthermophile / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG

機能・相同性

機能・相同性情報

salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SAS /

単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Lee, D. / Chen, L. / Nguyen, D. / Dillard, B.D. / Tempel, W. / Habel, J. / Zhou, W. / Chang, S.-H. / Kelley, L.-L.C. / Liu, Z.-J. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Conserved hypothetical protein from Pyrococcus furiosus Pfu-1581948-001
著者: Lee, D. / Chen, L. / Nguyen, D. / Dillard, B.D. / Tempel, W. / Habel, J. / Zhou, W. / Chang, S.-H. / Kelley, L.-L.C. / Liu, Z.-J. / Lin, D. / Zhang, H. / Praissman, J. / Bridger, S. / Eneh, J. ...

履歴

登録	2004年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ybz.cif.gz	30.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ybz.ent.gz	18.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ybz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1ybz_validation.pdf.gz	410.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ybz_full_validation.pdf.gz	410.8 KB	表示
XML形式データ	1ybz_validation.xml.gz	5.8 KB	表示
CIF形式データ	1ybz_validation.cif.gz	7.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/1ybz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/1ybz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5go2-2 6tvq-d 4bso-d 3w19-d 3j0r-d 5nnt-d 6tvu-d 6ygt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfu-1581948-001

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: chorismate mutase

10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: chorismate mutase

ソフトウェアが定義した集合体
21.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.501, 52.501, 80.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	chorismate mutase 分子量: 10868.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U098, chorismate mutase
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 7.5 詳細: 0.8M sodium dihydrogen phosphate, 0.8M disodium hydrogen phosphate, 0.1M HEPES, pH 7.5, modified microbatch, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1.009 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.009 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 10567 / % possible obs: 99.4 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 1.55

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.82-1.89	0.231	978	1.135	1	95
1.89-1.96	0.205	1027	1.129	1	99.3
1.96-2.05	0.136	1026	1.126	1	100
2.05-2.16	0.091	1041	1.277	1	100
2.16-2.29	0.076	1047	1.445	1	100
2.29-2.47	0.068	1045	1.619	1	100
2.47-2.72	0.062	1055	1.785	1	100
2.72-3.11	0.051	1077	1.699	1	100
3.11-3.92	0.045	1089	2.062	1	100
3.92-50	0.039	1182	1.865	1	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.6 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.24 / 反射: 3744

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.81-20	0.22	226
5.75-8.81	0.3	335
4.55-5.75	0.27	405
3.88-4.55	0.24	472
3.44-3.88	0.22	524
3.12-3.44	0.28	559
2.88-3.12	0.23	603
2.68-2.88	0.19	620

Phasing dm

FOM : 0.56 / FOM acentric: 0.57 / FOM centric: 0.51 / 反射: 4657 / Reflection acentric: 3619 / Reflection centric: 1038

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.9-18.791	0.87	0.87	0.68	230	114	116
4.3-6.9	0.73	0.81	0.58	681	460	221
3.4-4.3	0.76	0.8	0.65	800	611	189
3-3.4	0.63	0.66	0.51	791	624	167
2.6-3	0.45	0.46	0.37	1358	1127	231
2.4-2.6	0.26	0.25	0.28	797	683	114

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1	データ抽出
MAR345		データ収集
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法: SAS / 解像度: 1.82→43.937 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / WR_factor R_free: 0.232 / WR_factor R_work: 0.2 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2366	497	4.724 %	RANDOM
R_work	0.2009	-	-	-
all	0.203	-	-	-
obs	0.20257	10521	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.032 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.033 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.033 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.066 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→43.937 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	591	0	3	61	655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	602
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.238	2.006	807
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.939	3	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.15	5	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.236	24.4	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.379	15	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.842	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	108
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.097	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.321	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.283	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.069	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.003	2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.049	3	621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.027	3	530
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.8	2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0	2	463
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.622	3	186
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.24	3	893

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.82-1.867	0.211	32	0.208	670	759	92.49
1.867-1.918	0.225	32	0.196	698	739	98.782
1.918-1.974	0.211	34	0.186	695	730	99.863
1.974-2.035	0.224	34	0.182	666	700	100
2.035-2.101	0.178	33	0.171	654	687	100
2.101-2.175	0.192	31	0.164	624	655	100
2.175-2.257	0.198	31	0.166	607	638	100
2.257-2.348	0.215	37	0.171	586	623	100
2.348-2.453	0.203	26	0.169	575	601	100
2.453-2.572	0.282	20	0.205	535	555	100
2.572-2.71	0.176	24	0.213	527	551	100
2.71-2.874	0.306	22	0.224	500	522	100
2.874-3.072	0.197	18	0.217	479	497	100
3.072-3.316	0.256	25	0.217	434	459	100
3.316-3.631	0.321	21	0.211	393	414	100
3.631-4.056	0.299	20	0.194	388	408	100
4.056-4.677	0.382	17	0.194	323	340	100
4.677-5.712	0.227	17	0.261	295	312	100
5.712-8.01	0.373	10	0.27	232	242	100
8.01-43.937	0.124	13	0.194	143	161	96.894

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