PDB-1ybx: Conserved hypothetical protein Cth-383 from Clostridium thermocellum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ybx

タイトル

Conserved hypothetical protein Cth-383 from Clostridium thermocellum

要素

Conserved hypothetical protein

キーワード

structural genomics / unknown function / conserved hypothetical protein / Clostridium thermocellum / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial nucleoid / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium thermocellum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SAS /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tempel, W. / Chang, J. / Zhao, M. / Habel, J. / Kataeva, I. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, J. / Chang, S.-H. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Conserved hypothetical protein Cth-383 from Clostridium thermocellum
著者: Tempel, W. / Chang, J. / Zhao, M. / Habel, J. / Kataeva, I. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, J. / Chang, S.-H. / Horanyi, P. / Florence, Q. / Zhou, W. / Lin, D. / Zhang, H. / Ljundahl, ...

履歴

登録	2004年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb1ybx.ent.gz	36 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1ybx_validation.pdf.gz	396.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ybx_full_validation.pdf.gz	396.7 KB	表示
XML形式データ	1ybx_validation.xml.gz	5.1 KB	表示
CIF形式データ	1ybx_validation.cif.gz	7.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/1ybx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/1ybx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2raw-d 4tse-d 7k9d-d 6sy0-1 6yie-2 7kkv-d 219 6sy0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Cth-383

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conserved hypothetical protein

B: Conserved hypothetical protein

31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.914, 36.792, 61.824
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Conserved hypothetical protein 分子量: 15503.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 48857448, UniProt: A3DHB8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	溶媒含有率: 27.57 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: modified microbatch 詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2M trilithium citrate, modified microbatch, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 16740 / % possible obs: 73.3 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 1.567

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.71-1.77	0.396	274	1.148	1	12.1
1.77-1.84	0.34	538	0.963	1	23.9
1.84-1.93	0.253	981	0.951	1	43.1
1.93-2.03	0.216	1497	1.075	1	67.2
2.03-2.15	0.18	2002	1.064	1	87.1
2.15-2.32	0.139	2213	1.171	1	98
2.32-2.55	0.103	2265	1.261	1	99.9
2.55-2.92	0.071	2291	1.363	1	100
2.92-3.68	0.051	2312	2.035	1	100
3.68-50	0.047	2367	2.688	1	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.2 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.31 / 反射: 10520

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
7.62-20	0.36	559
4.91-7.62	0.4	910
3.87-4.91	0.4	1125
3.3-3.87	0.39	1320
2.92-3.3	0.36	1488
2.64-2.92	0.3	1630
2.44-2.64	0.23	1729
2.27-2.44	0.16	1759

Phasing dm

FOM : 0.59 / FOM acentric: 0.58 / FOM centric: 0.68 / 反射: 13702 / Reflection acentric: 12596 / Reflection centric: 1106

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.7-19.595	0.92	0.92	0.79	638	513	125
3.6-5.7	0.91	0.92	0.87	1933	1722	211
2.9-3.6	0.8	0.8	0.81	2418	2212	206
2.5-2.9	0.63	0.63	0.74	2418	2255	163
2.1-2.5	0.44	0.43	0.59	4193	3932	261
2-2.1	0.2	0.2	0.23	2102	1962	140

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1	データ抽出
MAR345		データ収集
反復単波長異常分散		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法: SAS / 解像度: 1.8→30.964 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / WR_factor R_free: 0.26 / WR_factor R_work: 0.224 / SU B: 7.572 / SU ML: 0.116 / SU R Cruickshank DPI: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2564	840	5.164 %	thin shells
R_work	0.2246	-	-	-
all	0.226	-	-	-
obs	0.22621	16267	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.263 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.354 Å²	0 Å²	-0.413 Å²
2-	-	1.125 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.079 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.964 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1337	0	4	90	1431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.455	1.989	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.842	3	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.746	5	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.552	27.551	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.506	15	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.756	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	663
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	828
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.139	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.272	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.141	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.299	1.5	964
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.295	1.5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.459	2	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.638	2	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.164	3	438
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.645	3	956
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.031	4.5	345
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.878	4.5	1803

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8-1.847		0	0.341	387	387
1.847-1.897	0.337	35	0.294	542	577
1.897-1.952	0.467	35	0.266	699	734
1.952-2.012	0.239	70	0.243	827	897
2.012-2.078	0.309	35	0.25	991	1026
2.078-2.15	0.288	70	0.226	1053	1123
2.15-2.231	0.277	66	0.226	1095	1161
2.231-2.321	0.261	39	0.214	1100	1139
2.321-2.424	0.246	70	0.226	1033	1103
2.424-2.542	0.303	35	0.221	1014	1049
2.542-2.678	0.266	70	0.222	941	1011
2.678-2.839	0.331	35	0.237	930	965
2.839-3.033	0.26	70	0.236	847	917
3.033-3.274	0.233	35	0.232	802	837
3.274-3.582	0.248	35	0.217	745	780
3.582-3.998	0.266	35	0.199	667	702
3.998-4.604	0.166	35	0.167	596	631
4.604-5.608	0.236	35	0.212	504	539
5.608-7.804	0.277	35	0.282	388	423
7.804-30.964		0	0.264	266	266

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0108	-0.7285	-2.3484	1.3136	2.9066	7.1043	0.0225	-0.2622	0.0942	-0.0194	0.0483	0.0247	-0.1862	0.3435	-0.0708	-0.0394	0.0157	-0.0085	0.0208	0.0213	-0.1602	-12.657	13.528	55.701
2	2.0375	-0.4085	1.6952	1.0346	-1.822	5.0612	0.0625	-0.2283	-0.2389	0.0928	0.023	-0.0888	0.1663	0.0183	-0.0855	-0.0443	0.0095	-0.0372	-0.0001	-0.0135	-0.1435	-8.469	-2.634	56.155

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	13 - 103	43 - 133
2	2	B	B	12 - 103	42 - 133

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関連情報:EMDBヘッダ

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