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- PDB-1yb1: Crystal structure of human 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yb1
タイトルCrystal structure of human 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type XI
要素17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type XI
キーワードOXIDOREDUCTASE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE / HUMAN / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


androgen catabolic process / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / steroid dehydrogenase activity / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / Estrogen biosynthesis / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / lipid droplet / endoplasmic reticulum ...androgen catabolic process / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / steroid dehydrogenase activity / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / Estrogen biosynthesis / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / lipid droplet / endoplasmic reticulum / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Androsterone / Estradiol 17-beta-dehydrogenase 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lukacik, P. / Bunkoczi, G. / Kavanagh, K. / Ng, S. / von Delft, F. / Bray, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type XI.
著者: Lukacik, P. / Bunkoczi, G. / Kavanagh, K. / Ng, S. / von Delft, F. / Bray, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Oppermann, U.
履歴
登録2004年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32013年7月3日Group: Non-polymer description
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN AETIOCHOLANOLONE IS ALSO KNOWN AS ANDROSTERONE, 5-ANDROSTAN-3-OL-17-ONE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type XI
B: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type XI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,48413
ポリマ－59,4062
非ポリマー1,07811
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
2
A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type XI
B: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type XI
ヘテロ分子

A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type XI
B: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type XI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,96826
ポリマ－118,8124
非ポリマー2,15622
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area16600 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area34180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.939, 110.939, 118.013
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type XI


分子量: 29703.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHRS8 / プラスミド: P11 (PET11 DERIVATIVE) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q8NBQ5, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 346分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-AOI / Androsterone / (3alpha,5beta,8alpha,10alpha,13alpha,14beta)-3-hydroxyandrostan-17-one / アンドロステロン


分子量: 290.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.08M Sodium Citrate pH5, 2.52M Ammonium Sulphate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月20日
放射モノクロメーター: Multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→37 Å / Num. all: 61906 / Num. obs: 61906 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MR MODEL OBTAINED BY AUTOBUILDING INTO A SELENOMETHIONINE SAD PHASED MAP

解像度: 1.95→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.38 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residual density that is likely due to an alternate main chain conformation of residues 167-170 was not modelled.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19212 1763 3.3 %RANDOM
Rwork0.16154 ---
all0.16254 52480 --
obs0.16254 52449 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.395 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3651 0 64 335 4050
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223856
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.9685270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79238416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0565503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.69124.37135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.13615641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2171510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2765
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1580.23473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.21929
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.22207
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2010.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.76532603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4231001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.62153968
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.20871532
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.858111291
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 141 -
Rwork0.194 3783 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8286-0.08060.04110.94280.19161.22070.01180.15370.1114-0.0979-0.05280.1042-0.0207-0.06870.041-0.10850.0279-0.0054-0.05980.0297-0.04787.4091-19.726311.1586
20.90790.39590.24860.87540.40850.87430.1308-0.046-0.17940.2086-0.0946-0.02760.3428-0.0141-0.03620.07140.01220.0009-0.08530.0022-0.011814.2112-42.963329.3189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA25 - 26025 - 260
2X-RAY DIFFRACTION2BB25 - 26025 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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