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- PDB-1ya5: Crystal structure of the titin domains z1z2 in complex with telethonin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ya5
タイトルCrystal structure of the titin domains z1z2 in complex with telethonin
要素
  • N2B-TITIN ISOFORM
  • TELETHONIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / TELETHONIN / T-CAP / Ig-LIKE DOMAINS / Z1 / Z2 / TITIN
機能・相同性
機能・相同性情報


FATZ binding / titin Z domain binding / BMP binding / otic vesicle formation / sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch ...FATZ binding / titin Z domain binding / BMP binding / otic vesicle formation / sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch / detection of mechanical stimulus / protein kinase A signaling / muscle alpha-actinin binding / cardiac myofibril assembly / mitotic chromosome condensation / cardiac muscle hypertrophy / adult heart development / cardiac muscle tissue morphogenesis / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / actinin binding / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / protein kinase regulator activity / M band / I band / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / sarcomere organization / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / skeletal muscle contraction / somitogenesis / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / titin binding / muscle contraction / response to muscle stretch / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / actin filament binding / Platelet degranulation / protease binding / protein-containing complex assembly / protein tyrosine kinase activity / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / transmembrane transporter binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
titin filament fold / titin domain like / Telethonin / Titin-like domain superfamily / Telethonin protein / PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain ...titin filament fold / titin domain like / Telethonin / Titin-like domain superfamily / Telethonin protein / PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Single Sheet / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Telethonin / Titin / Titin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.445 Å
データ登録者Pinotsis, N. / Popov, A. / Zou, P. / Wilmanns, M.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Palindromic assembly of the giant muscle protein titin in the sarcomeric Z-disk
著者: Zou, P. / Pinotsis, N. / Lange, S. / Song, Y.H. / Popov, A. / Mavridis, I. / Mayans, O.M. / Gautel, M. / Wilmanns, M.
#1: ジャーナル: Thesis / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the titin domains z1z2 in complex with telethonin
著者: Pinotsis, N.
履歴
登録2004年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N2B-TITIN ISOFORM
B: N2B-TITIN ISOFORM
T: TELETHONIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2668
ポリマ－53,7863
非ポリマー4805
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7810 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area24080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.326, 63.213, 242.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 N2B-TITIN ISOFORM / TTN protein / titin isoform novex-2 / titin isoform novex-1


分子量: 21582.982 Da / 分子数: 2 / 断片: domains Z1Z2, RESIDUES 1-196 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET6D (Modified PET3A) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PJP0, UniProt: Q8WZ42*PLUS
#2: タンパク質 TELETHONIN / Titin cap protein


分子量: 10619.717 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-90 / Mutation: yes / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15273
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.45
詳細: pH 4.45, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8117
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月6日
放射モノクロメーター: GE SINGLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8117 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.445→14.92 Å / Num. obs: 25248 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.445→2.49 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 86.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
REFMAC5.2精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.445→14.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 22.308 / SU ML: 0.239 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26496 812 3.2 %RANDOM
Rwork0.23173 ---
all0.23278 24382 --
obs0.23278 24382 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.547 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.39 Å20 Å20 Å2
2--9.26 Å20 Å2
3----5.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.445→14.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3706 0 25 179 3910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223805
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.371.9625182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6725485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.39124.458166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.05815622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1531526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2910.21788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3370.22564
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3540.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.01752453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.74163925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.40961479
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6087.51257
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.445→2.507 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 44 -
Rwork0.355 1594 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54950.0077-0.14981.1252-2.12916.7431-0.13280.01-0.05650.27050.075-0.0441-0.7208-0.61050.0578-0.09280.04040.0029-0.2291-0.0412-0.049415.111716.422453.7891
20.78190.1606-0.33540.65510.060712.25020.0338-0.0955-0.0240.05890.0176-0.0561-0.31140.9718-0.0514-0.20380.00920.0216-0.1972-0.02290.009140.25618.930636.1653
30.03050.0192-0.25330.541-0.72639.74250.0772-0.1735-0.04920.09870.0428-0.08190.1669-0.0083-0.12-0.10050.0065-0.0006-0.3096-0.04-0.007529.790117.721543.1079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1981 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1971 - 197
3X-RAY DIFFRACTION3TC1 - 891 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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