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万見
- PDB-1y9r: Crystal structure of the human mineralocorticoid receptor ligand-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y9r
タイトルCrystal structure of the human mineralocorticoid receptor ligand-binding domain bound to deoxycorticosterone and harboring the S810L mutation responsible for a severe form of hypertension
要素Mineralocorticoid receptor
キーワードTRANSCRIPTION / LIGAND BINDING PROTEIN / MINERALOCORTICOID RECEPTOR / STEROID RECEPTOR / NUCLEAR RECEPT / TRANSCRIPTION REGULATION / ACTIVATING MUTATION / HYPERTENSION
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / TBP-class protein binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / nuclear receptor activity ...nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / TBP-class protein binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / receptor complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DESOXYCORTICOSTERONE / Mineralocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Fagart, J. / Huyet, J. / Pinon, G.M. / Rochel, M. / Mayer, C. / Rafestin-Oblin, M.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a mutant mineralocorticoid receptor responsible for hypertension
著者: Fagart, J. / Huyet, J. / Pinon, G.M. / Rochel, M. / Mayer, C. / Rafestin-Oblin, M.E.
履歴
登録2004年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mineralocorticoid receptor
B: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9504
ポリマ－59,2892
非ポリマー6612
水8,305461
1
A: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9752
ポリマ－29,6441
非ポリマー3301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9752
ポリマ－29,6441
非ポリマー3301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.284, 120.284, 41.326
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Mineralocorticoid receptor / MR / nuclear receptor subfamily 3 / group C / member 2


分子量: 29644.357 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN / 変異: S810L, C910A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: UV20HL21-27 / 遺伝子: NR3C2, MCR, MLR / プラスミド: PMRLBDL810 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON PLUS (DE3) RIL / 参照: UniProt: P08235
#2: 化合物 ChemComp-1CA / DESOXYCORTICOSTERONE / 4-PREGNEN-21-OL-3,20-DIONE / DOC / 21-HYDROXYPROGESTERONE / デオキシコルチコステロン


分子量: 330.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O3 / コメント: ホルモン*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 69 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979583 / 波長: 0.979583 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→18.3 Å / Num. all: 40302 / Num. obs: 40302 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 6049 / Rsym value: 0.318 / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BEASTモデル構築
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D HOMOLOGY MODEL OF THE HUMAN MINERALOCORTICOID RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN CONSTRUCTED USING THE PROGESTERONE RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN STRUCTURE

解像度: 1.96→18.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 11588348.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 4101 10.2 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.241 40302 --
obs0.2291 40302 84.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 250.008 Å2 / ksol: 0.764 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.694 Å20.3471 Å20 Å2
2--0.694 Å20 Å2
3---0.6881 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→18.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3885 0 48 461 4394
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.072.5
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 504 10.4 %
Rwork0.289 4361 -
obs-6049 60.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2LIGAND.PARAMLIGAND.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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