PDB-1y9l: The X-ray structure of an secretion system protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1y9l

タイトル

The X-ray structure of an secretion system protein

要素

Lipoprotein mxiM

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / CRACKED BETA BARREL / MIXED ALPHA/BETA

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lario, P.I. / Pfuetzer, R.A. / Frey, E.A. / Creagh, L. / Haynes, C. / Maurelli, A.T. / Strynadka, N.C.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structure and biochemical analysis of a secretin pilot protein.
著者: Lario, P.I. / Pfuetzner, R.A. / Frey, E.A. / Creagh, L. / Haynes, C. / Maurelli, A.T. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2004年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1y9l.cif.gz	34.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1y9l.ent.gz	26.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1y9l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1y9l_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1y9l_full_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示
XML形式データ	1y9l_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	1y9l_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/1y9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/1y9l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1y9tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1y9t-d 1lkk-d 6w3f-2 1shb-d 5eel-3 4j6k-2 2g7j-d 4x6s-2 4x6s-1 1pz4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipoprotein mxiM

ヘテロ分子

13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.844, 49.683, 29.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.27, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Lipoprotein mxiM 分子量: 12903.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: mxiM / プラスミド: PET19B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A1X2
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン分子量: 156.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: (NH4)2SO4, LiSO4, NaCH3CO2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 173 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X8C / 波長: 1.0, 0.8981, 0.9794, 0.9796

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月13日
詳細: a parabolic collimating mirror placed upstream of the monochromator

放射

モノクロメーター: CRYSTAL SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.8981	1
3	0.9794	1
4	0.9796	1

反射

解像度: 1.5→20.261 Å / Num. all: 18869 / Num. obs: 18209 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.6 Å² / R_sym value: 0.036 / Net I/σ(I): 16.5

反射シェル

解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / R_sym value: 0.421 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.5→20.261 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 3.181 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25071	929	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22028	-	-	-
all	0.22192	17871	-	-
obs	0.22028	17235	96.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.229 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0.14 Å²
2-	-	0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.261 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	870	0	15	98	983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	956
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	1.975	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.706	5	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.836	26.25	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.719	15	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	4.344	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	656
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.098	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.079	1.5	601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.556	2	943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.42	3	408
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.452	4.5	343
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	67	-
R_work	0.238	1314	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2628	-0.2855	0.4173	1.3873	0.675	0.5702	-0.0366	-0.0842	-0.0372	0.1093	0.0804	0.0762	0.0482	0.0565	-0.0438	-0.0131	0.0172	0.0142	-0.0237	0.0077	-0.053	26.5361	42.1935	2.9441
2	299.8457	209.2428	-219.7288	194.8876	-102.2383	214.4418	-0.4287	-1.2033	-0.3939	0.9776	0.2534	0.6697	1.5864	2.172	0.1752	0.0206	-0.0176	-0.0125	0.0094	0.0212	0.0048	22.1241	42.0217	6.9394

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	33 - 142	6 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	C	150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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