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- PDB-1y6d: Solution structure and dynamics of LuxU from Vibrio harveyi, a ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y6d
タイトルSolution structure and dynamics of LuxU from Vibrio harveyi, a phosphotransferase protein involved in bacterial quorum sensing
要素Phosphorelay protein luxU
キーワードTRANSFERASE / phosphotransferase / four-helix bundle / quorum sensing / phosphorelay
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能
: / HPT domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphorelay protein LuxU / Phosphorelay protein LuxU
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法溶液NMR
データ登録者Ulrich, D.L. / Kojetin, D. / Bassler, B.L. / Cavanagh, J. / Loria, J.P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Solution structure and dynamics of LuxU from Vibrio harveyi, a phosphotransferase protein involved in bacterial quorum sensing.
著者: Ulrich, D.L. / Kojetin, D. / Bassler, B.L. / Cavanagh, J. / Loria, J.P.
#1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2004
タイトル: 1H,15N,and 13C chemical shift assignments of the Vibrio harveyi histidine phosphotransferase protein LuxU
著者: Ulrich, D.L. / Thompson, R. / Bassler, B. / Cavanagh, J. / Loria, J.P.
履歴
登録2004年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphorelay protein luxU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5301
ポリマ－13,5301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 19structures with the lowest energy
代表モデルモデル #17

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要素

#1: タンパク質 Phosphorelay protein luxU


分子量: 13530.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: LuxU / プラスミド: pDLU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 pLys-S / 参照: UniProt: Q9ZBB6, UniProt: P0C5S4*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNHA
1423D 13C-separated NOESY
2523D 13C (H)CCH-TOCSY
262HNCA
272HN(CO)CA
282HN(CA)CB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM LuxU U-15N, 50mM Phosphate buffer, 300mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM LuxU U-15N,13C, 50mM Phosphate buffer, 300mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1300mM NaCl 6.4ambient 294 K
2300mM NaCl 6.4ambient 294 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6003
Varian INOVAVarianINOVA8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipedelaglio,f. et al解析
CNS1brunger, a.t. et al構造決定
Sparkygoddard,t. et alデータ解析
DYANACYANAguntert,p.構造決定
XPLOR-NIH精密化
TALOSspera,s. and bax,a.データ解析
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 19 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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