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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y59 | ||||||
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タイトル | Dianhydrosugar-based benzamidine, factor Xa specific inhibitor in complex with bovine trypsin mutant | ||||||
![]() | Trypsin, cationic | ||||||
![]() | HYDROLASE / Serine protease / Serine proteinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Di Fenza, A. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Understanding binding selectivity toward trypsin and factor Xa: the role of aromatic interactions 著者: Di Fenza, A. / Heine, A. / Koert, U. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 767.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 769.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 T
#1: タンパク質 | 分子量: 23389.316 Da / 分子数: 1 / 変異: N97E, L99Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 256分子 










#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-TL1 / |
#5: 化合物 | |
#6: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.19 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 8000, Imidazole, Ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103.15 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月27日 / 詳細: silicon mirrors, double silicon crystal |
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91838 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 107803 / Num. obs: 107803 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 18.98 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique all: 3889 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 68.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
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Refine analyze | Num. disordered residues: 22 / Occupancy sum hydrogen: 1572 / Occupancy sum non hydrogen: 1936 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→50 Å
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拘束条件 |
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