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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y51 | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Bacillus stearothermophilus Histidine phosphocarrier protein (Hpr) F29W mutant | ||||||
![]() | Phosphocarrier protein HPr | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Bacillus stearothermophilus Hpr F29W mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sridharan, S. / Razvi, A. / Scholtz, J.M. / Sacchettini, J.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The HPr proteins from the thermophile Bacillus stearothermophilus can form domain-swapped dimers. 著者: Sridharan, S. / Razvi, A. / Scholtz, J.M. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9215.599 Da / 分子数: 3 / 変異: F29W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ptsH / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 2M ammonium sulfate, 100mM phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0 K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2030B / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→50 Å / Num. all: 31842 / Num. obs: 31548 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 9.6 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 34.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.244 / % possible all: 90.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: wild-type BstHpr 解像度: 1.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.19 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.078 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.645→1.687 Å / Total num. of bins used: 20 /
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