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万見
- PDB-1y50: X-ray crystal structure of Bacillus stearothermophilus Histidine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y50
タイトルX-ray crystal structure of Bacillus stearothermophilus Histidine phosphocarrier protein (Hpr) F29W mutant domain_swapped dimer
要素Phosphocarrier protein HPr
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Bacillus stearothermophilus F29W mutant domain-swapped dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Histidine-containing Protein; Chain: A; ...Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Histidine-containing Protein; Chain: A; / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocarrier protein HPr
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sridharan, S. / Razvi, A. / Scholtz, J.M. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The HPr proteins from the thermophile Bacillus stearothermophilus can form domain-swapped dimers.
著者: Sridharan, S. / Razvi, A. / Scholtz, J.M. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2004年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5044
ポリマ－9,2161
非ポリマー2883
水1,31573
1
A: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子

A: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0088
ポリマ－18,4312
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area7860 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area8630 Å2
手法PISA
2
A: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子

A: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子

A: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子

A: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,01516
ポリマ－36,8624
非ポリマー1,15312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area18200 Å2
ΔGint-247 kcal/mol
Surface area14780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)34.861, 63.454, 82.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Phosphocarrier protein HPr / Histidine-containing protein / histidine phosphocarrier protein


分子量: 9215.599 Da / 分子数: 1 / 変異: F29W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: ptsH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ES7R / 参照: UniProt: P42013
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 68-74 % ammonium sulfate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 6544 / Num. obs: 6174 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 456 / Rsym value: 0.244 / % possible all: 70.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: wild-type BstHpr

解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 6.918 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29786 290 4.7 %RANDOM
Rwork0.21518 ---
obs0.21931 5866 94.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.916 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.71 Å20 Å20 Å2
2--1.84 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数635 0 15 73 723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.993895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.271586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6175431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8627688
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5219232
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.56111207
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.371 10
Rwork0.284 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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