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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y50 | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Bacillus stearothermophilus Histidine phosphocarrier protein (Hpr) F29W mutant domain_swapped dimer | ||||||
![]() | Phosphocarrier protein HPr | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Bacillus stearothermophilus F29W mutant domain-swapped dimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sridharan, S. / Razvi, A. / Scholtz, J.M. / Sacchettini, J.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The HPr proteins from the thermophile Bacillus stearothermophilus can form domain-swapped dimers. 著者: Sridharan, S. / Razvi, A. / Scholtz, J.M. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 30.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 19.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9215.599 Da / 分子数: 1 / 変異: F29W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ptsH / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 68-74 % ammonium sulfate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 6544 / Num. obs: 6174 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 31.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 456 / Rsym value: 0.244 / % possible all: 70.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: wild-type BstHpr 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 6.918 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.916 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
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