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- PDB-1y4l: Crystal structure of Bothrops asper myotoxin II complexed with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y4l
タイトルCrystal structure of Bothrops asper myotoxin II complexed with the anti-trypanosomal drug suramin
要素Phospholipase A2 homolog 2
キーワードHYDROLASE / Bothrops asper myotoxin II / anti-trypanosomal drug suramin
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / heparin binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-SVR / Basic phospholipase A2 homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops asper (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Murakami, M.T. / Arruda, E.Z. / Melo, P.A. / Martinez, A.B. / Calil-Elias, S. / Tomaz, M.A. / Lomonte, B. / Gutierrez, J.M. / Arni, R.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Inhibition of Myotoxic Activity of Bothrops asper Myotoxin II by the Anti-trypanosomal Drug Suramin.
著者: Murakami, M.T. / Arruda, E.Z. / Melo, P.A. / Martinez, A.B. / Calil-Elias, S. / Tomaz, M.A. / Lomonte, B. / Gutierrez, J.M. / Arni, R.K.
履歴
登録2004年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN LIGAND P33 IS A FRAGMENT OF polyethyleneglycol 3350.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2 homolog 2
B: Phospholipase A2 homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,77910
ポリマ－27,5282
非ポリマー2,2518
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.199, 64.037, 85.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 homolog 2 / Myotoxin II


分子量: 13764.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops asper (ヘビ) / Secretion: snake venom / 参照: UniProt: P24605, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-SVR / 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID / SURAMIN / スラミン


分子量: 1297.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H40N6O23S6 / コメント: 薬剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 3350, isopropanol, sodium citrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.427 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.427 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 30385 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.507 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.203 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23955 1537 5.1 %RANDOM
Rwork0.20563 ---
all0.227 30549 --
obs0.20734 28848 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.991 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1906 0 150 170 2226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6632.0632794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4165230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.52224.10378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.77215382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.0381510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3320.31390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3310.51427
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2330.5361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.342
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.27821214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08731884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.38421065
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1833910
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 104 -
Rwork0.312 2039 -
obs--96.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.1713 Å / Origin y: 3.9203 Å / Origin z: 13.6086 Å
111213212223313233
T-0.0272 Å20.0017 Å20.0415 Å2-0.0033 Å20.0421 Å2---0.0144 Å2
L0.7816 °2-0.752 °20.6319 °2-0.9425 °2-0.474 °2--0.5926 °2
S0.0157 Å °-0.0314 Å °-0.0506 Å °-0.0427 Å °0.0088 Å °0.0075 Å °0.0279 Å °-0.0191 Å °-0.0244 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1331 - 121
2X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 1331 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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