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- PDB-1y3i: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis NAD kinase-NAD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y3i
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium tuberculosis NAD kinase-NAD complex
要素Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
キーワードTRANSFERASE / NAD kinase / polyphosphate / NAD / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / polyphosphate metabolic process / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich ...Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD kinase / NAD kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mori, S. / Yamasaki, M. / Maruyama, Y. / Momma, K. / Kawai, S. / Hashimoto, W. / Mikami, B. / Murata, K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2005
タイトル: NAD-binding mode and the significance of intersubunit contact revealed by the crystal structure of Mycobacterium tuberculosis NAD kinase-NAD complex
著者: Mori, S. / Yamasaki, M. / Maruyama, Y. / Momma, K. / Kawai, S. / Hashimoto, W. / Mikami, B. / Murata, K.
履歴
登録2004年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
B: Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6799
ポリマ－65,8872
非ポリマー1,7917
水77543
1
A: Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
B: Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子

A: Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
B: Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,35718
ポリマ－131,7754
非ポリマー3,58314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
Buried area16960 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area32600 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.450, 110.450, 108.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
詳細The biological unit is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -x, -y, z.

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要素

#1: タンパク質 Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase / Poly(P)/ATP NAD kinase


分子量: 32943.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pPnk / プラスミド: pSK27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P0A5S6, UniProt: P9WHV7*PLUS, NAD+ kinase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Ammonium sulfate, HEPES-Na, NAD, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 22375 / % possible obs: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→10 Å / Num. parameters: 14548 / Num. restraintsaints: 19678 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 --RANDOM
all0.1911 ---
obs-21896 91 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3636
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3476 0 117 43 3636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.058
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0264
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.073
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.078
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.7 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.313 -
obs-2222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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