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万見
- PDB-1y39: Co-evolution of protein and RNA structures within a highly conser... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y39
タイトルCo-evolution of protein and RNA structures within a highly conserved ribosomal domain
要素
  • 50S ribosomal protein L11
  • 58 Nucleotide Ribosomal 23S RNA Domain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/RNA / X-Ray Crystal structure / Choroplast-Like L11 complex / rRNA / 23S RNA / STRUCTURAL PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily ...Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT (III) ION / : / RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein uL11
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dunstan, M.S. / GuhaThakurta, D. / Draper, D.E. / Conn, G.L.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2005
タイトル: Coevolution of Protein and RNA Structures within a Highly Conserved Ribosomal Domain
著者: Dunstan, M.S. / Guhathakurta, D. / Draper, D.E. / Conn, G.L.
履歴
登録2004年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 58 Nucleotide Ribosomal 23S RNA Domain
D: 58 Nucleotide Ribosomal 23S RNA Domain
A: 50S ribosomal protein L11
B: 50S ribosomal protein L11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,93528
ポリマ－54,1174
非ポリマー81824
水27015
1
C: 58 Nucleotide Ribosomal 23S RNA Domain
A: 50S ribosomal protein L11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,49215
ポリマ－27,0592
非ポリマー43313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 58 Nucleotide Ribosomal 23S RNA Domain
B: 50S ribosomal protein L11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,44313
ポリマ－27,0592
非ポリマー38511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.240, 150.240, 62.984
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 4分子 CDAB

#1: RNA鎖 58 Nucleotide Ribosomal 23S RNA Domain


分子量: 18863.094 Da / 分子数: 2 / 変異: G1062U, C1076A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Nts 1051-1108 From E. Coli 23S Rrna
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L11 / Ribosomal protein L11


分子量: 8195.558 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-Terminal Domain Of Ribosomal Protein L11 / 変異: S69N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: L11-C76(S69N) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P56210

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非ポリマー , 5種, 39分子

#3: 化合物 ChemComp-3CO / COBALT (III) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG600, Magnesium acetate, glycerol, sodium cacodylate, potasium chlroride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG60011
2Magnesium acetate11
3glycerol11
4sodium cacodylate11
5potasium chlroride11
6PEG60012
7Magnesium acetate12
8glycerol12
9sodium cacodylate12
10potasium chlroride12

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月8日 / 詳細: Rh coated Si mirror
放射モノクロメーター: Rh coated Si mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→18 Å / Num. all: 18216 / Num. obs: 17764 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1777 / Num. unique obs: 1744 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HC8

1hc8


解像度: 2.8→18 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1487462.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1033 5.8 %RANDOM
Rwork0.22 ---
all0.22 18216 --
obs0.22 17764 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.7744 Å2 / ksol: 0.292791 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 71.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å20 Å2
2---1.75 Å20 Å2
3---3.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1083 2500 34 15 3632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.871.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.762.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 163 5.6 %
Rwork0.348 2762 -
obs--98.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_GTP.PARAMDNA-RNA_GTP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5GOL.PARAMGOL.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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