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- PDB-1y25: structure of mycobacterial thiol peroxidase Tpx -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y25
タイトルstructure of mycobacterial thiol peroxidase Tpx
要素Probable thiol peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Cell redox homeostasis / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / detoxification / response to nitrosative stress / disulfide oxidoreductase activity / peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / peptidoglycan-based cell wall ...Cell redox homeostasis / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / detoxification / response to nitrosative stress / disulfide oxidoreductase activity / peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / peptidoglycan-based cell wall / peroxidase activity / response to oxidative stress / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Thiol peroxidase / Thiol peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stehr, M. / Hoffmann, B. / Jger, T. / Singh, M. / Hecht, H.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of the inactive variant C60S of Mycobacterium tuberculosis thiol peroxidase
著者: Stehr, M. / Hecht, H.J. / Jager, T. / Flohe, L. / Singh, M.
履歴
登録2004年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable thiol peroxidase
B: Probable thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9444
ポリマ－33,8262
非ポリマー1182
水6,630368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.089, 106.089, 65.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1211-

HOH

21B-2201-

HOH

31B-2287-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable thiol peroxidase / thiol peroxidase Rv1932 Tpx peroxiredoxin


分子量: 16912.928 Da / 分子数: 2 / 変異: C60S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv1932 tpx / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner (DE3)
参照: UniProt: P66952, UniProt: P9WG35*PLUS, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmics mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→92.06 Å / Num. all: 24893 / Num. obs: 24893 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.673 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 3567 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1psq

1psq


解像度: 2.1→30.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 10.456 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2493 1274 5.2 %RANDOM
Rwork0.17076 ---
all0.17461 23364 --
obs0.17461 23364 98.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.707 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2378 0 8 368 2754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.321.9753308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01135178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2625328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8224.46894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.74915348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.7741514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.22230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21189
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21370
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3280.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3030.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1990.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3861.52050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3061.5678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69622618
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8533869
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9754.5690
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 90 -
Rwork0.225 1686 -
obs-1686 97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.49110.9998-0.68282.3567-0.64071.11250.03570.0334-0.10070.11-0.087-0.192-0.06070.08060.0513-0.036-0.01820.0036-0.0560.0359-0.035932.395-28.1796.712
20.73960.1255-0.10383.8797-1.67273.47370.0081-0.0551-0.02310.87140.1590.3067-0.5678-0.2594-0.16720.13820.05280.0893-0.07570.0241-0.098633.7484.4333.05
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1651 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1651 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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