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万見
- PDB-1y1u: Structure of unphosphorylated STAT5a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y1u
タイトルStructure of unphosphorylated STAT5a
要素Signal transducer and activator of transcription 5A
キーワードSIGNALING PROTEIN / Activator / STAT / DNA-binding / SH2 domain / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of mast cell differentiation / Interleukin-2 signaling / development of secondary female sexual characteristics / Interleukin-21 signaling / Interleukin-9 signaling / Growth hormone receptor signaling / development of secondary male sexual characteristics / Interleukin-15 signaling / Interleukin-20 family signaling ...Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of mast cell differentiation / Interleukin-2 signaling / development of secondary female sexual characteristics / Interleukin-21 signaling / Interleukin-9 signaling / Growth hormone receptor signaling / development of secondary male sexual characteristics / Interleukin-15 signaling / Interleukin-20 family signaling / eosinophil differentiation / positive regulation of natural killer cell differentiation / Downstream signal transduction / negative regulation of mast cell apoptotic process / Interleukin-7 signaling / taurine metabolic process / negative regulation of erythrocyte differentiation / Signaling by SCF-KIT / luteinization / positive regulation of mast cell proliferation / myeloid cell apoptotic process / mast cell differentiation / regulation of epithelial cell differentiation / mast cell apoptotic process / mast cell proliferation / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / lymphocyte differentiation / natural killer cell differentiation / positive regulation of lymphocyte differentiation / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / gamma-delta T cell differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / interleukin-2-mediated signaling pathway / mammary gland epithelium development / thrombopoietin-mediated signaling pathway / Peyer's patch development / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / interleukin-5-mediated signaling pathway / reelin-mediated signaling pathway / prostate gland epithelium morphogenesis / lipid storage / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of multicellular organism growth / activated T cell proliferation / mammary gland development / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of B cell differentiation / natural killer cell mediated cytotoxicity / phosphate ion binding / cellular response to cytokine stimulus / positive regulation of activated T cell proliferation / T cell homeostasis / regulation of multicellular organism growth / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / T cell proliferation / regulation of cell adhesion / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic cell cycle / B cell differentiation / erythrocyte differentiation / female pregnancy / response to peptide hormone / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / T cell differentiation in thymus / mitotic cell cycle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / cell population proliferation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
STAT5a/5b / : / STAT transcription factor, DNA-binding domain / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain ...STAT5a/5b / : / STAT transcription factor, DNA-binding domain / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / p53-like transcription factor, DNA-binding / EF-hand / Recoverin; domain 1 / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal transducer and activator of transcription 5A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Neculai, D. / Neculai, A.M. / Verrier, S. / Straub, K. / Klumpp, K. / Pfitzner, E. / Becker, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure of the unphosphorylated STAT5a dimer
著者: Neculai, D. / Neculai, A.M. / Verrier, S. / Straub, K. / Klumpp, K. / Pfitzner, E. / Becker, S.
履歴
登録2004年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducer and activator of transcription 5A
B: Signal transducer and activator of transcription 5A
C: Signal transducer and activator of transcription 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,7783
ポリマ－201,7783
非ポリマー00
水00
1
A: Signal transducer and activator of transcription 5A
B: Signal transducer and activator of transcription 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,5192
ポリマ－134,5192
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Signal transducer and activator of transcription 5A

C: Signal transducer and activator of transcription 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,5192
ポリマ－134,5192
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.020, 235.430, 111.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 138 - 688 / Label seq-ID: 11 - 561

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

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要素

#1: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 5A / STAT5a / Mammary gland factor


分子量: 67259.414 Da / 分子数: 3 / 断片: STAT5a core fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET32a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42230

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1M (NH4)2SO4, 20mM MgCl2, 10% glycerol, 50mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→90 Å / Num. all: 56837 / Num. obs: 56787 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3.03 / Observed criterion σ(I): 2.49 / 冗長度: 1.98 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0882 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 9.82
反射 シェル解像度: 3.21→3.25 Å / 冗長度: 1.99 % / Rmerge(I) obs: 0.3148 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique all: 2076 / Rsym value: 0.4161 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
PHASERV. 1.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BG1

1bg1


解像度: 3.21→78.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.841 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.802 / SU B: 51.006 / SU ML: 0.399 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 5.53 / ESU R Free: 0.507 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29891 5010 8.9 %RANDOM
Rwork0.26619 ---
obs0.26909 51051 98.64 %-
all-56837 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.774 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20.09 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→78.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13293 0 0 0 13293
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02213581
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6851.94318402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.93951626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.37725.086696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.852152457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7691578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.22034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.27508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.29236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.340.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0390.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5741.58329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.041213233
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0635897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8324.55169
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4426 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.030.05
2Btight positional0.030.05
3Ctight positional0.030.05
1Atight thermal0.050.5
2Btight thermal0.050.5
3Ctight thermal0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 3.21→3.293 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 335 -
Rwork0.343 3776 -
obs--97.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.18921.3754-0.20351.393-0.16360.3208-0.0511-0.02610.01210.0970.0006-0.0244-0.1220.07230.0505-0.0888-0.02550.0705-0.0898-0.0049-0.1884-59.326724.372827.5978
20.65631.079-0.25653.1784-0.71960.2026-0.03420.0556-0.05450.013-0.01050.03720.03960.01580.0447-0.0505-0.04970.0289-0.11960.0299-0.1798-31.086649.9716-9.7919
31.6073-0.49031.23730.627-0.41021.20420.0777-0.01380.00630.1075-0.08290.0233-0.03160.00430.0053-0.1151-0.01340.0124-0.00240.0405-0.2114-64.552385.235525.7767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA138 - 67411 - 547
2X-RAY DIFFRACTION2BB138 - 67411 - 547
3X-RAY DIFFRACTION3CC138 - 67411 - 547

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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