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- PDB-1y1a: CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM AND INTEGRIN BINDING PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y1a
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM AND INTEGRIN BINDING PROTEIN
要素Calcium and integrin binding 1 (calmyrin)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN / INTEGRIN / EF-HAND / GLUTATHIONE / GLUTATHIOLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of male germ cell proliferation / calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / endomitotic cell cycle / positive regulation of catalytic activity / filopodium tip / thrombopoietin-mediated signaling pathway / negative regulation of microtubule depolymerization / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis ...positive regulation of male germ cell proliferation / calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / endomitotic cell cycle / positive regulation of catalytic activity / filopodium tip / thrombopoietin-mediated signaling pathway / negative regulation of microtubule depolymerization / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / platelet formation / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of protein phosphorylation / regulation of cell division / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / spermatid development / positive regulation of protein targeting to membrane / negative regulation of megakaryocyte differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to ischemia / cell periphery / positive regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / sarcolemma / cellular response to nerve growth factor stimulus / cellular response to growth factor stimulus / small GTPase binding / ruffle membrane / positive regulation of protein phosphorylation / cellular response to tumor necrosis factor / double-strand break repair / lamellipodium / regulation of cell population proliferation / negative regulation of neuron projection development / growth cone / positive regulation of cell growth / angiogenesis / perikaryon / vesicle / transmembrane transporter binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / neuron projection / nuclear body / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / axon / negative regulation of cell population proliferation / cell division / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / calcium ion binding / DNA damage response / centrosome / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Calcium and integrin-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Blamey, C.J. / Ceccarelli, C. / Naik, U.P. / Bahnson, B.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of calcium- and integrin-binding protein 1: Insights into redox regulated functions
著者: Blamey, C.J. / Ceccarelli, C. / Naik, U.P. / Bahnson, B.J.
履歴
登録2004年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年3月7日Group: Other
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 295 NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE ... NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS M 1 A 52 .. 191 B 52 .. 191 0.655 WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS
Remark 999SEQUENCE GB 12654075 AAH00846 1 - 8 NOT IN ATOMS LIST A DELETION MUTANT OF CIB WHOSE SEQUENCE DOES ...SEQUENCE GB 12654075 AAH00846 1 - 8 NOT IN ATOMS LIST A DELETION MUTANT OF CIB WHOSE SEQUENCE DOES NOT INCLUDE THE FIRST EIGHT N-TERMINAL RESIDUES WAS USED FOR THE X-RAY STUDIES DESCRIBED IN THIS ENTRY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium and integrin binding 1 (calmyrin)
B: Calcium and integrin binding 1 (calmyrin)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5099
ポリマ－41,9612
非ポリマー5487
水5,008278
1
A: Calcium and integrin binding 1 (calmyrin)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1014
ポリマ－20,9801
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Calcium and integrin binding 1 (calmyrin)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4085
ポリマ－20,9801
非ポリマー4284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Calcium and integrin binding 1 (calmyrin)
B: Calcium and integrin binding 1 (calmyrin)
ヘテロ分子

A: Calcium and integrin binding 1 (calmyrin)
B: Calcium and integrin binding 1 (calmyrin)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,01818
ポリマ－83,9224
非ポリマー1,09614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+5/61
Buried area10400 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area38960 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
5
B: Calcium and integrin binding 1 (calmyrin)
ヘテロ分子

B: Calcium and integrin binding 1 (calmyrin)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,81610
ポリマ－41,9612
非ポリマー8558
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+5/61
Buried area3610 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area22000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.222, 115.222, 268.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-1, -0.00237, -5.0E-5), (-0.00224, 0.95321, -0.3023), (0.00076, -0.3023, -0.95321)21.14937, 42.92139, 276.93698

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要素

#1: タンパク質 Calcium and integrin binding 1 (calmyrin) / CIB1


分子量: 20980.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIB1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99828
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 MG/ML PROTEIN, 50MM HEPES, 3M FORMATE, 300MM NaCl, 1% DMSO, 0.25MM DTT, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.12709 / 波長: 1.53578, 1.53466, 1.47954
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.127091
21.535781
31.534661
41.479541
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 44410 / Num. obs: 44410 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 65.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2357501.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2207 5 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.237 44316 --
obs0.236 44316 92.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.7122 Å2 / ksol: 0.353729 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.47 Å24.2 Å20 Å2
2--14.33 Å20 Å2
3----17.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2952 0 26 278 3256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.741.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.612.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 272 5.3 %
Rwork0.332 4867 -
obs-5139 65.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GSH.PARAMGSH.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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