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万見
- PDB-1y18: Fab fragment of catalytic elimination antibody 34E4 E(H50)D mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y18
タイトルFab fragment of catalytic elimination antibody 34E4 E(H50)D mutant in complex with hapten
要素
  • Catalytic antibody 34E4 heavy chain
  • Catalytic antibody 34E4 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Catalytic antibody / chimeric Fab / Hapten complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-HAN
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Debler, E.W. / Ito, S. / Heine, A. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structural origins of efficient proton abstraction from carbon by a catalytic antibody
著者: Debler, E.W. / Ito, S. / Seebeck, F.P. / Heine, A. / Hilvert, D. / Wilson, I.A.
履歴
登録2004年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCES OF THE FAB COMPLEXES ARE NOT YET AVAILABLE IN ANY REFERENCE SEQUENCE ...SEQUENCE THE SEQUENCES OF THE FAB COMPLEXES ARE NOT YET AVAILABLE IN ANY REFERENCE SEQUENCE DATABASES. RESIDUE 50 IN CHAINS H,B,D and F WAS MUTATED FROM GLU TO ASP.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Catalytic antibody 34E4 light chain
H: Catalytic antibody 34E4 heavy chain
A: Catalytic antibody 34E4 light chain
B: Catalytic antibody 34E4 heavy chain
C: Catalytic antibody 34E4 light chain
D: Catalytic antibody 34E4 heavy chain
E: Catalytic antibody 34E4 light chain
F: Catalytic antibody 34E4 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,40713
ポリマ－191,3268
非ポリマー1,0815
水5,170287
1
L: Catalytic antibody 34E4 light chain
H: Catalytic antibody 34E4 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0933
ポリマ－47,8322
非ポリマー2611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
2
A: Catalytic antibody 34E4 light chain
B: Catalytic antibody 34E4 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0933
ポリマ－47,8322
非ポリマー2611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA
3
C: Catalytic antibody 34E4 light chain
D: Catalytic antibody 34E4 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0933
ポリマ－47,8322
非ポリマー2611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
4
E: Catalytic antibody 34E4 light chain
F: Catalytic antibody 34E4 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1284
ポリマ－47,8322
非ポリマー2972
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.000, 163.000, 151.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: 抗体
Catalytic antibody 34E4 light chain


分子量: 23258.826 Da / 分子数: 4 / 変異: E(H50)D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The variable domain (residues 1-107) is from a murine source and the constant domain (108-214) is from a human source
由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / プラスミド: p4xH-M13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#2: 抗体
Catalytic antibody 34E4 heavy chain


分子量: 24572.699 Da / 分子数: 4 / 変異: E(H50)D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The variable domain (residues 1-113) is from a murine source and the constant domain (108-233) is from a human source
由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / プラスミド: p4xH-M13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#3: 化合物
ChemComp-HAN / 2-AMINO-5,6-DIMETHYL-BENZIMIDAZOLE-1-PENTANOIC ACID


分子量: 261.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19N3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Diammonium hydrogen phosphate, NaCl, imidazole HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 110K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月10日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 57674 / Num. obs: 56867 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2795 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1Y0L

1y0l


解像度: 2.8→50 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2604 -RANDOM
Rwork0.215 ---
all0.217 57674 --
obs0.215 51110 5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.96 Å23.96 Å2-7.92 Å2
2--8.84 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13460 0 77 287 13824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.017
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 338 -
Rwork0.304 --
obs-7112 0.751 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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