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- PDB-1y11: Mycobacterial adenylyl cyclase Rv1264, holoenzyme, active state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y11
タイトルMycobacterial adenylyl cyclase Rv1264, holoenzyme, active state
要素Hypothetical protein Rv1264/MT1302
キーワードLYASE / ADENYLYL CYCLASE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate cyclase inhibitor activity / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / response to pH / adenylate cyclase activity / manganese ion binding / intracellular signal transduction / lipid binding / protein homodimerization activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Adenylate cyclase regulatory domain / Adenylate cyclase regulatory domain / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
pH-sensitive adenylate cyclase Rv1264 / pH-sensitive adenylate cyclase Rv1264
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Tews, I. / Findeisen, F. / Sinning, I. / Schultz, A. / Schultz, J.E. / Linder, J.U.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: The structure of a pH-sensing mycobacterial adenylyl cyclase holoenzyme
著者: Tews, I. / Findeisen, F. / Sinning, I. / Schultz, A. / Schultz, J.E. / Linder, J.U.
履歴
登録2004年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 300Biomolecule: 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 2 chains ...Biomolecule: 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 2 chains (homodimer).
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein Rv1264/MT1302
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9224
ポリマ－43,4951
非ポリマー4263
水00
1
A: Hypothetical protein Rv1264/MT1302
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein Rv1264/MT1302
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8438
ポリマ－86,9902
非ポリマー8536
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+11
Buried area14540 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area30380 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)114.114, 114.114, 151.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
詳細The biological assembly is a dimer generated from the monomer of the asymmetric unit by the operation 1-x, y, 1-z

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein Rv1264/MT1302 / adenylyl cyclase


分子量: 43495.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv1264 / プラスミド: pQE60 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: Q11055, UniProt: P9WMU9*PLUS, adenylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Lithium sulphate, TRIS, PEG 400, GTP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.9755 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月25日
放射モノクロメーター: liq. N2 cooled Si-111 double monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9755 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. all: 9221 / Num. obs: 8526 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): -4 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 64.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1061 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Rv1264 RESIDUES 1-207 (to be deposited)

解像度: 3.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 74.712 / SU ML: 0.54 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.604 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29941 408 4.8 %RANDOM
Rwork0.23454 ---
all0.23756 9267 --
obs0.23756 8503 91.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.558 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.87 Å20.94 Å20 Å2
2--1.87 Å20 Å2
3----2.81 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.707 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2737 0 27 0 2764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222806
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5351.9853807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.875363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.81722.787122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.17215449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7651533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2660.21344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.21899
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2360.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3690.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4460.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7031.51831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0922881
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.01931050
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3524.5926
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.301→3.356 Å / Total num. of bins used: 30
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 17 -
Rwork0.339 316 -
obs--73.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92751.04931.05051.21160.707210.5904-0.13510.18870.4405-0.1190.49910.82890.0271-1.9047-0.3640.13580.1166-0.00560.760.08060.497835.859410.560766.5042
20.42880.52370.85391.8225-0.033410.11270.0638-0.0380.12630.0139-0.03230.2998-0.5417-0.9572-0.0314-0.07050.06060.0548-0.0250.00920.02449.907212.728272.8867
30.1514-1.9135-0.198524.19012.50980.2604-0.24250.9752-0.4939-0.74471.2612-1.44710.1321.1026-1.01870.3433-0.3252-0.07590.85850.03720.149869.111222.931293.8019
416.7337-7.303822.750814.2002-32.50777.8519-0.7199-0.3080.24050.58230.5672-0.042-0.9316-1.58250.1527-0.37520.0911-0.0284-0.356-0.1676-0.122868.714438.26978.7163
529.79611.571728.29784.494110.989926.87491.05241.97651.53560.1506-1.7571.4679-0.22422.02180.7045-0.0691-0.00320.07120.31040.05940.091755.241844.307560.1912
64.1026-0.74492.88533.64190.006510.38630.24260.2418-0.0795-0.0489-0.028-0.26770.32630.2239-0.2146-0.328-0.02660.0481-0.0485-0.0053-0.081169.978237.788474.0533
718.2641-3.724-6.712212.77515.67711.1072-0.28220.54811.07760.25550.4069-0.2164-0.247-0.5992-0.1247-0.1616-0.1435-0.0660.0809-0.0009-0.012975.467950.209879.3596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA14 - 9014 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2AA91 - 19191 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3AA192 - 213192 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4AA214 - 224214 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5AA225 - 234225 - 234
6X-RAY DIFFRACTION6AA235 - 348235 - 348
7X-RAY DIFFRACTION7AA349 - 377349 - 377

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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