PDB-1y10: Mycobacterial adenylyl cyclase Rv1264, holoenzyme, inhibited state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1y10

タイトル

Mycobacterial adenylyl cyclase Rv1264, holoenzyme, inhibited state

要素

Hypothetical protein Rv1264/MT1302

キーワード

LYASE / adenylyl cyclase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / response to pH / adenylate cyclase inhibitor activity / manganese ion binding / intracellular signal transduction / lipid binding / protein homodimerization activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Tews, I. / Findeisen, F. / Sinning, I. / Schultz, A. / Schultz, J.E. / Linder, J.U.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: The structure of a pH-sensing mycobacterial adenylyl cyclase holoenzyme
著者: Tews, I. / Findeisen, F. / Sinning, I. / Schultz, A. / Schultz, J.E. / Linder, J.U.

履歴

登録	2004年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2014年4月23日	Group: Other
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1y10.cif.gz	287 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1y10.ent.gz	232.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1y10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/1y10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/1y10	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1y11C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cu6-d 6kmz-2 7kwd-d 5tus-2 6k5v-1 4nm5-2 5lg6-2 4cu7-d 5uzp-d 4riz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (6) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (5) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (6) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein Rv1264/MT1302

B: Hypothetical protein Rv1264/MT1302

C: Hypothetical protein Rv1264/MT1302

D: Hypothetical protein Rv1264/MT1302

ヘテロ分子

175 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein Rv1264/MT1302

B: Hypothetical protein Rv1264/MT1302

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Hypothetical protein Rv1264/MT1302

D: Hypothetical protein Rv1264/MT1302

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.936, 146.830, 84.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The asymmetric unit is composed of two biological dimers. A and B form one dimer, C and D the other one.

#1: タンパク質	Hypothetical protein Rv1264/MT1302 / adenylyl cyclase 分子量: 43495.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: Rv1264 / プラスミド: pQE60 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 参照: UniProt: Q11055, UniProt: P9WMU9*PLUS, adenylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG400, calcium acetate, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 64787 / Num. obs: 63500 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -4 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 41 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.33 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1802 / % possible all: 84.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Rv1264 RESIDUES 1-207 (to be deposited)

解像度: 2.3→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 15.893 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2423	3191	5 %	RANDOM
R_work	0.19023	-	-	-
all	0.19287	61314	-	-
obs	0.19287	60069	97.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.756 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.53 Å²	0 Å²	-1.44 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.359 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10803	0	56	522	11381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	11012
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.222	1.981	14944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.469	3	24547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.018	5	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.451	22.668	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.665	15	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.549	15	131
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	12409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	9970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	5214
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	6577
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.046	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.111	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.157	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.267	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.096	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.115	1.5	7354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.238	1.5	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.641	2	11354
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.746	3	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.331	4.5	3590
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.323 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	88	-
R_work	0.273	1493	-
obs	-	-	84.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7572	-1.0568	-1.361	3.5624	-0.8318	3.323	0.0532	0.7732	0.2165	-0.6789	0.0149	-0.0814	0.1657	-0.0477	-0.0682	-0.1517	-0.0513	0.0165	0.0008	-0.0086	-0.1663	23.2296	53.439	31.501
2	2.1893	0.8262	0.0501	2.8712	0.5493	1.0134	-0.0371	-0.2246	-0.0001	0.15	-0.0494	0.1214	0.0167	-0.0832	0.0865	-0.2302	0.0249	-0.0223	-0.094	0.0071	-0.2507	2.9354	55.9265	53.0251
3	3.6827	-2.1836	-6.5669	2.1621	3.7951	11.7211	0.3369	0.0445	0.1854	0.0205	-0.1282	-0.2463	-0.409	-0.1758	-0.2087	-0.1771	-0.0449	-0.0872	-0.0851	0.0254	-0.0285	21.5701	65.5854	51.1588
4	4.5426	-0.7711	0.9066	4.5935	-0.3526	4.0086	-0.1641	-0.0315	0.2412	0.1736	0.0773	0.1134	-0.2627	-0.1288	0.0868	-0.0008	0.0299	-0.0077	-0.1988	-0.0067	-0.1104	4.4495	91.912	63.3396
5	14.901	1.7788	-1.8105	17.2139	-3.0807	7.5924	-0.1914	-0.3031	-0.4775	-0.1778	-0.2827	-0.0859	0.3887	-0.1434	0.4742	0.1395	0.1375	0.0048	0.0481	-0.0808	-0.0292	-8.6691	96.8772	65.3836
6	6.9	0.2102	-5.9684	3.8611	0.2881	18.0425	0.2914	-1.0447	1.3212	0.1961	-0.0875	0.8606	-1.9693	-1.8616	-0.204	0.2143	0.213	-0.0278	0.439	-0.2143	0.1981	6.3151	71.5152	88.4206
7	1.6124	0.5116	-0.232	1.8513	-0.0784	2.9723	-0.0195	-0.0724	0.0331	0.117	-0.0892	-0.3227	-0.3093	0.2355	0.1087	-0.0466	-0.0222	-0.0618	-0.1641	-0.0231	-0.0354	20.5693	78.2966	62.0806
8	1.1346	-0.0489	-2.4041	1.1927	0.1272	17.6773	0.1081	0.0608	0.1228	0.3022	0.0169	0.1576	-0.4097	-1.705	-0.125	-0.0799	0.0312	-0.0079	-0.0195	-0.0105	-0.1204	3.8988	63.4087	69.9311
9	4.3013	-0.5951	0.0717	3.0862	-0.5931	2.8161	-0.0056	-0.1311	0.2723	-0.0149	0.0247	0.2284	-0.2597	-0.0193	-0.0192	-0.2651	-0.0168	-0.0076	-0.2552	0.024	-0.2066	-3.7825	68.0393	37.6089
10	28.2593	-2.3626	1.5966	5.6494	-3.1442	9.0881	-0.2166	0.6025	0.8667	-0.5341	0.2539	0.0321	-0.4537	0.456	-0.0373	0.1272	0.0088	-0.0649	-0.1636	-0.0611	-0.1096	-4.349	78.1326	27.7193
11	7.3531	1.2588	-0.5695	6.3841	0.4655	3.9811	-0.0179	-1.05	0.6093	0.6508	-0.1116	0.0666	-0.8607	0.3321	0.1295	0.1504	-0.0735	-0.0075	0.0027	-0.096	-0.1025	33.015	77.047	86.7865
12	3.6749	-0.103	0.22	3.7955	1.842	4.1778	-0.1106	0.1671	-0.1228	-0.0057	0.1271	0.0847	0.1293	0.0326	-0.0165	-0.1298	-0.0556	-0.0066	-0.1421	0.0423	-0.2713	20.3057	51.1353	79.8475
13	2.6061	7.932	4.7318	24.8512	15.7902	11.3101	0.4238	0.0602	-0.5333	0.2157	0.3773	-1.4868	-0.2995	0.4449	-0.8011	-0.0835	-0.0326	0.015	-0.0458	-0.0108	-0.0847	36.0025	64.2029	69.9923
14	6.1008	0.5006	0.0116	4.4772	-0.9057	1.9581	0.0852	-0.6452	-0.0904	0.4095	-0.2665	-0.2445	0.0224	0.1565	0.1813	-0.1895	0.0027	0.0479	-0.1722	0.0488	-0.2232	43.9724	32.9832	58.5585
15	33.7904	-2.8514	-6.5148	6.786	-0.7832	7.5498	0.0408	-0.3857	-0.3591	0.0877	-0.1022	-0.066	0.3995	0.0878	0.0615	0.0203	-0.0356	-0.0289	-0.1576	0.1461	-0.0558	43.7858	19.0555	61.8128
16	3.709	-0.0569	1.269	3.6429	-0.678	4.2165	0.1107	0.2762	-0.6547	-0.2053	0.1166	-0.0678	0.4801	-0.0399	-0.2273	-0.1638	-0.0222	0.0101	-0.1145	-0.0811	-0.125	16.8504	34.1685	43.6151
17	2.9531	0.7523	-0.4611	2.3856	-0.5568	3.7572	0.0392	-0.2051	0.3958	0.3172	0.0318	-0.07	-0.1589	0.1994	-0.071	-0.2122	0.0363	0.0225	-0.1789	-0.0548	-0.1308	37.3622	52.389	55.3102
18	4.7665	7.0721	6.8128	10.6006	10.3867	10.4574	0.6757	-0.4107	-0.5051	1.0085	-0.3721	-0.5084	0.8352	-0.6242	-0.3036	-0.0911	-0.0018	-0.0212	-0.0455	0.0189	-0.1288	17.6872	43.4076	62.8607
19	3.8986	-1.573	0.0377	5.8015	-1.679	2.9919	-0.1331	0.1462	-0.3095	-0.2923	-0.0149	-0.309	0.3444	0.24	0.148	-0.1196	0.0002	0.0408	-0.1137	0.0256	-0.199	37.0005	45.6921	90.9469
20	12.2405	-0.286	0.0714	21.3866	-11.4436	16.6154	-0.1653	0.4009	0.1443	0.0638	0.0493	-1.4056	-0.296	1.0995	0.116	-0.0065	0.0498	0.035	0.1624	-0.1243	0.2639	51.1716	44.2968	93.7614

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	14 - 60	14 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	61 - 149	61 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	159 - 190	159 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	191 - 345	191 - 345
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	349 - 376	349 - 376
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	20 - 60	20 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	61 - 149	61 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	150 - 190	150 - 190
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	191 - 348	191 - 348
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	349 - 376	349 - 376
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	12 - 60	12 - 60
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	61 - 149	61 - 149
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	C	150 - 190	150 - 190
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	C	191 - 345	191 - 345
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	C	349 - 377	349 - 377
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	D	14 - 60	14 - 60
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	D	61 - 149	61 - 149
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	D	150 - 190	150 - 190
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	D	191 - 346	191 - 346
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	D	350 - 376	350 - 376

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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