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- PDB-1y0e: Crystal structure of putative ManNAc-6-P epimerase from Staphyloc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y0e
タイトルCrystal structure of putative ManNAc-6-P epimerase from Staphylococcus aureus (strain N315)
要素Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
キーワードISOMERASE / ManNAc-6-P epimerase / nanE / structural genomics / protein structure initiative / PSI / Midwest Center For Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase / N-acetylmannosamine catabolic process / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate epimerase / Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate epimerase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chang, C. / Joachimiak, A. / Li, H. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative ManNAc-6-P epimerase from Staphylococcus aureus (strain N315)
著者: Chang, C. / Moy, S. / Li, H. / Joachimiak, A.
履歴
登録2004年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
B: Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1985
ポリマ－49,9132
非ポリマー2853
水7,224401
1
A: Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1463
ポリマ－24,9561
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0512
ポリマ－24,9561
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area17770 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.961, 76.283, 183.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase / ManNAc-6-P epimerase


分子量: 24956.385 Da / 分子数: 2 / 変異: A14P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: N315 / 遺伝子: nanE / プラスミド: pMSCG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(De3)
参照: UniProt: P65517, N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: NaH2PO4, K2HPO4, imidazole, NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月19日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 55539 / Num. obs: 54814 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / % possible all: 87.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→91.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 8.14 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21564 2771 5.1 %RANDOM
Rwork0.17743 ---
all0.17933 54689 --
obs0.17933 51918 97.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.23 Å20 Å20 Å2
2---1.49 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→91.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3432 0 15 401 3848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0370.0223500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3371.9774750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6945442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.59925.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.21915620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.4391516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21782
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22430
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4441.52298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.10123588
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.42431370
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6464.51162
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.992 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 145 -
Rwork0.29 2834 -
obs--73.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4099-0.48010.40393.501-0.09182.02440.03660.0799-0.02630.16610.01290.1031-0.0085-0.0971-0.0495-0.0190.01310.01740.0178-0.0077-0.0403-3.17725.44114.633
20.67610.0113-0.14510.90110.19841.56750.11910.1513-0.0208-0.0805-0.0258-0.0352-0.10210.0297-0.0933-0.03660.01890.01340.0352-0.0023-0.05794.95124.4498.981
30.08780.32250.35971.1871.25573.73280.0712-0.0238-0.0476-0.29530.1988-0.3184-0.20340.1233-0.270.0352-0.00540.081-0.0098-0.03630.053410.99334.71116.633
42.39160.8064-0.47691.47090.42332.2050.10110.0114-0.05730.39410.0267-0.15640.16130.0797-0.12770.13790.0277-0.0278-0.0731-0.0213-0.05097.42630.423134.247
50.367-0.1347-0.38191.4471.04431.7257-0.0011-0.08680.0360.11630.097-0.1112-0.03910.1184-0.09580.0628-0.01150.0005-0.052-0.0133-0.06216.40546.607141.632
61.33760.05872.28390.45580.54364.98830.0421-0.13680.1967-0.0062-0.0069-0.1448-0.4289-0.1689-0.03520.11760.01750.0433-0.0428-0.03580.01093.81341.251121.837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 581 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2AA59 - 19660 - 197
3X-RAY DIFFRACTION3AA197 - 221198 - 222
4X-RAY DIFFRACTION4BB0 - 581 - 59
5X-RAY DIFFRACTION5BB59 - 19660 - 197
6X-RAY DIFFRACTION6BB197 - 221198 - 222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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