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- PDB-1xxv: Yersinia YopH (residues 163-468) binds phosphonodifluoromethyl-Ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xxv
タイトルYersinia YopH (residues 163-468) binds phosphonodifluoromethyl-Phe containing hexapeptide at two sites
要素
  • Epidermal growth factor receptor derived peptide
  • Protein-tyrosine phosphatase yopH
キーワードHYDROLASE / catalytic domain / phosphotyrosine-binding sites / substrate targeting
機能・相同性
機能・相同性情報


dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal domain superfamily / YopH, N-terminal / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain ...Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal domain superfamily / YopH, N-terminal / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase YopH
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ivanov, M.I. / Stuckey, J.A. / Schubert, H.L. / Saper, M.A. / Bliska, J.B.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2005
タイトル: Two substrate-targeting sites in the Yersinia protein tyrosine phosphatase co-operate to promote bacterial virulence
著者: Ivanov, M.I. / Stuckey, J.A. / Schubert, H.L. / Saper, M.A. / Bliska, J.B.
履歴
登録2004年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年9月14日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-tyrosine phosphatase yopH
B: Protein-tyrosine phosphatase yopH
C: Epidermal growth factor receptor derived peptide
D: Epidermal growth factor receptor derived peptide
E: Epidermal growth factor receptor derived peptide
F: Epidermal growth factor receptor derived peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4916
ポリマ－70,4916
非ポリマー00
水5,350297
1
A: Protein-tyrosine phosphatase yopH
C: Epidermal growth factor receptor derived peptide
D: Epidermal growth factor receptor derived peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2453
ポリマ－35,2453
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
2
B: Protein-tyrosine phosphatase yopH
E: Epidermal growth factor receptor derived peptide
F: Epidermal growth factor receptor derived peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2453
ポリマ－35,2453
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.130, 47.170, 71.820
Angle α, β, γ (deg.)104.45, 115.05, 89.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein-tyrosine phosphatase yopH / Virulence protein


分子量: 33519.805 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain, residues 163-468 / 変異: C235R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: yopH, yop51 / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15273, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド
Epidermal growth factor receptor derived peptide


分子量: 862.748 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: chemically synthesized by Robert Zamboni and Michael Gresser, Merck Frosst, Montreal
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mg/ml protein, 0.5 mM phosphonodifluoro-Phe-containing peptide in 1 mM imidazole. Precipitant: 22% polyethylene glycol (PEG) 4000, 8 mM MnCl2, 0.1% beta-mercaptoethanol, 100 mM Hepes, pH 7. ...詳細: 10 mg/ml protein, 0.5 mM phosphonodifluoro-Phe-containing peptide in 1 mM imidazole. Precipitant: 22% polyethylene glycol (PEG) 4000, 8 mM MnCl2, 0.1% beta-mercaptoethanol, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: UCSD MARK III / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 18319 / Num. obs: 18319 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.075

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解析

ソフトウェア
名称分類
SDMSデータ収集
SDMSデータ削減
MERLOT位相決定
CNS精密化
SDMSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: YopH (residues 163-468) with bound VO4 (not submitted to PDB)

解像度: 2.5→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: restrained B refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 892 -random
Rwork0.178 ---
all-18319 --
obs-18319 85.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4534 0 0 297 4831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.183
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.138
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.55 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.298 38
Rwork0.204 -
obs-853

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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