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- PDB-1xxu: Crystal Structure of AhpE from Mycrobacterium tuberculosis, a 1-C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xxu
タイトルCrystal Structure of AhpE from Mycrobacterium tuberculosis, a 1-Cys peroxiredoxin
要素Hypothetical protein Rv2238c/MT2298
キーワードOXIDOREDUCTASE / 1-cys peroxiredoxin / thioredoxin fold / structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


mycoredoxin-dependent peroxiredoxin / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / response to nitrosative stress / peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase E / Alkyl hydroperoxide reductase E
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, S. / Peterson, N.A. / Kim, M.Y. / Kim, C.Y. / Hung, L.W. / Yu, M. / Lekin, T. / Segelke, B.W. / Lott, J.S. / Baker, E.N. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of AhpE from Mycobacterium tuberculosis, a 1-Cys Peroxiredoxin
著者: Li, S. / Peterson, N.A. / Kim, M.Y. / Kim, C.Y. / Hung, L.W. / Yu, M. / Lekin, T. / Segelke, B.W. / Lott, J.S. / Baker, E.N.
履歴
登録2004年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298
B: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298
C: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298
D: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3364
ポリマ－67,3364
非ポリマー00
水3,387188
1
A: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298
C: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6682
ポリマ－33,6682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298
D: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6682
ポリマ－33,6682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.199, 148.199, 33.864
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
詳細The biological assembly is a octamer generated from crystallographic 4-fold axis

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein Rv2238c/MT2298 / 1-Cys peroxiredoxin


分子量: 16833.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv2238c / プラスミド: pProEX HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pRI / 参照: UniProt: P65688, UniProt: P9WIE3*PLUS, peroxidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.8M sodium malonate pH 5.0 mixed with 0.1M sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.91983 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→37.05 Å / Num. all: 59088 / Num. obs: 59088 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 99.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique all: 5817 / Rsym value: 0.598

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1xvw

1xvw


解像度: 1.9→37.05 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: CNS bulk solvent model used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 2397 -RANDOM
Rwork0.242 ---
all-59167 --
obs-59088 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4760 0 0 190 4950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.03
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-1.990.3023030.2550.017728899.3
1.99-2.090.2862980.2320.017724599.2
2.09-2.220.2953040.2320.017730699.7
2.22-2.390.2973060.2330.017737099.7
2.39-2.630.2662780.2230.016732599.8
2.63-3.020.3153130.2450.018740099.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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