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- PDB-1xvx: Crystal Structure of iron-loaded Yersinia enterocolitica YfuA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xvx
タイトルCrystal Structure of iron-loaded Yersinia enterocolitica YfuA
要素YfuA
キーワードiron binding protein / periplasmic iron binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport / iron ion transport / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Ferric binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / : / Iron(III)-binding periplasmic protein / YfuA
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Shouldice, S.R. / McRee, D.E. / Dougan, D.R. / Tari, L.W. / Schryvers, A.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Novel Anion-independent Iron Coordination by Members of a Third Class of Bacterial Periplasmic Ferric Ion-binding Proteins
著者: Shouldice, S.R. / McRee, D.E. / Dougan, D.R. / Tari, L.W. / Schryvers, A.B.
履歴
登録2004年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The authors state that Ser 5, Pro 93, Glu 117, and Pro 121 are all correct, as these ...SEQUENCE The authors state that Ser 5, Pro 93, Glu 117, and Pro 121 are all correct, as these residues are different in the strain they used than in the one used for the genbank sequence.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YfuA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,48410
ポリマ－33,9171
非ポリマー5679
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.392, 46.951, 62.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-735-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 YfuA


分子量: 33917.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: yfuA / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: Q56925, UniProt: A1JLH5*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 486分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: zinc acetate dihydrate, PEG 8000, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月13日
放射モノクロメーター: osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→33.56 Å / Num. all: 43974 / Num. obs: 35434 / % possible obs: 80.58 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.53→1.58 Å / % possible all: 11.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREKデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.53→60.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.495 / SU ML: 0.048 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19304 1869 5 %RANDOM
Rwork0.16147 ---
all0.163 43974 --
obs0.16304 35434 80.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å2-0.16 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→60.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2380 0 18 477 2875
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.9523307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0175310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13825.619105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.1215414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.224157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21289
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21685
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0950.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0490.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5281.51580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86522473
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7113983
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8654.5834
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.524 21 -
Rwork0.381 301 -
obs--9.49 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.876 Å / Origin y: 32.256 Å / Origin z: 14.803 Å
111213212223313233
T-0.0932 Å2-0.0021 Å2-0.001 Å2--0.0976 Å2-0.0015 Å2---0.1105 Å2
L0.8274 °2-0.3526 °2-0.1987 °2-0.4892 °20.0423 °2--0.297 °2
S-0.0081 Å °0.0087 Å °-0.0159 Å °0.0174 Å °0.0037 Å °-0.0042 Å °0.0026 Å °-0.0002 Å °0.0044 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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