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- PDB-1xvw: Crystal Structure of AhpE from Mycobacterium tuberculosis, a 1-Cy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xvw
タイトルCrystal Structure of AhpE from Mycobacterium tuberculosis, a 1-Cys peroxiredoxin
要素Hypothetical protein Rv2238c/MT2298
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin fold / Oxidized cystein sulfenic acid / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


mycoredoxin-dependent peroxiredoxin / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / response to nitrosative stress / peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase E / Alkyl hydroperoxide reductase E
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, S. / Peterson, N.A. / Kim, M.Y. / Kim, C.Y. / Hung, L.W. / Yu, M. / Lekin, T. / Segelke, B.W. / Lott, J.S. / Baker, E.N. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of AhpE from Mycobacterium tuberculosis, a 1-Cys Peroxiredoxin
著者: Li, S. / Peterson, N.A. / Kim, M.Y. / Kim, C.Y. / Hung, L.W. / Yu, M. / Lekin, T. / Segelke, B.W. / Lott, J.S. / Baker, E.N.
履歴
登録2004年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298
B: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2302
ポリマ－35,2302
非ポリマー00
水3,315184
1
A: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298
B: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298

A: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298
B: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298

A: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298
B: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298

A: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298
B: Hypothetical protein Rv2238c/MT2298


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,9198
ポリマ－140,9198
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.994, 147.994, 33.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
詳細The biological assembly is a octamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the crystallographic 4-fold symmetry

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein Rv2238c/MT2298 / 1-cys alkylhydroperoxiredoxin reductase


分子量: 17614.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rv2238c / プラスミド: pProEX HTa / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P65688, UniProt: P9WIE3*PLUS, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; NADHまたはNADPHが電子受容体
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.8M sodium malonate pH 5.0, 0.1M sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00000, 0.97937, 0.97918, 0.95370
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979371
30.979181
40.95371
反射解像度: 1.87→46.8 Å / Num. obs: 33679 / 冗長度: 97.6 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 80.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique all: 2764

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→46.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1828 -RANDOM
Rwork0.18 ---
all-30763 --
obs-30635 99.6 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.29 Å20 Å20 Å2
2---2.29 Å20 Å2
3---4.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2478 0 0 184 2662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.58
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.87-1.960.2962100.2520.02348898.1
1.96-2.060.2522370.2030.016376698.8
2.06-2.190.2412240.1880.016377999.4
2.19-2.360.1932310.1650.013382399.5
2.36-2.590.2292430.1750.015386099.8
2.59-2.970.2242230.1770.015382499.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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