PDB-1xvs: Crystal structure of apaG Protein from Vibrio cholerae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xvs

タイトル

Crystal structure of apaG Protein from Vibrio cholerae

要素

Protein apaG

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / apaG / MCSG APC26324 / Midwest Center for Structural Genomics / protein structure initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

error-free translesion synthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Chang, C. / Joachimiak, A. / Li, H. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of apaG from Vibrio cholerae
著者: Chang, C. / Joachimiak, A. / Li, H. / Moy, S. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2004年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xvs.cif.gz	69.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xvs.ent.gz	51.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xvs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xvs_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xvs_full_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示
XML形式データ	1xvs_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	1xvs_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/1xvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/1xvs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tzaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1r19-3 5mw3-2 5dtm-2 1r19-1 1r17-2 5dt2-2 5dtr-2 6te6-2 5dtq-2 5nfi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC26324

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein apaG

B: Protein apaG

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.138, 67.998, 64.002
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 131.43, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-406- HOH

#1: タンパク質	Protein apaG 分子量: 14474.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: apaG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KUS3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Bis-Tris, Magnesium, Formate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月25日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→50 Å / Num. all: 19199 / Num. obs: 18181 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.112
反射シェル	解像度: 2.01→2.1 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 77.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1TZA

1tza

解像度: 2.01→48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 10.769 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26585	931	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17997	-	-	-
all	0.18426	17250	-	-
obs	0.18426	17250	93.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.312 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.21 Å²	0 Å²	3.77 Å²
2-	-	-2.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1972	0	6	248	2226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.038	0.022	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.749	1.965	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.36	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.697	25.102	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.698	15	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.197	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.212	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.284	0.2	938
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.329	0.2	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.226	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.213	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.79	1.5	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.558	2	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.093	3	844
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.326	4.5	713
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.062 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	43	-
R_work	0.213	935	-
obs	-	-	69.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2741	0.2395	-0.6209	1.2741	-0.7871	1.4625	0.0164	-0.0333	0.0473	-0.1175	0.0284	-0.1215	0.0958	-0.0168	-0.0447	0.0727	0.0045	0.0728	-0.009	-0.0042	0.0269	23.577	0.873	1.378
2	1.3723	1.0092	-0.4441	1.3035	-0.3143	0.144	-0.0121	0.0018	0.1329	-0.0248	0.0294	0.047	0.0444	0.001	-0.0173	-0.0165	-0.0081	0.0053	0.0195	-0.0007	0.0128	2.738	2.489	24.88

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 124	1 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 124	1 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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