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- PDB-1xtv: Sulfolobus solfataricus uracil phosphoribosyltransferase with uri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xtv
タイトルSulfolobus solfataricus uracil phosphoribosyltransferase with uridine 5'-monophosphate (UMP) bound to half of the subunits
要素Probable uracil phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Tetramer / type 1 phosphoribosyltransferase / UMP complex
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / GMP salvage / IMP salvage / GTP binding ...uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / GMP salvage / IMP salvage / GTP binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uracil phosphoribosyltransferase, archaea / Uracil phosphoribosyl transferase / Uracil phosphoribosyltransferase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Uracil phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Arent, S. / Harris, P. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Allosteric Regulation and Communication between Subunits in Uracil Phosphoribosyltransferase from Sulfolobus solfataricus(,)
著者: Arent, S. / Harris, P. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
履歴
登録2004年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年8月8日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable uracil phosphoribosyltransferase
B: Probable uracil phosphoribosyltransferase
C: Probable uracil phosphoribosyltransferase
D: Probable uracil phosphoribosyltransferase
E: Probable uracil phosphoribosyltransferase
F: Probable uracil phosphoribosyltransferase
G: Probable uracil phosphoribosyltransferase
H: Probable uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,73212
ポリマ－193,4358
非ポリマー1,2974
水00
1
A: Probable uracil phosphoribosyltransferase
B: Probable uracil phosphoribosyltransferase
C: Probable uracil phosphoribosyltransferase
D: Probable uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3666
ポリマ－96,7174
非ポリマー6482
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area32100 Å2
手法PISA
2
E: Probable uracil phosphoribosyltransferase
F: Probable uracil phosphoribosyltransferase
G: Probable uracil phosphoribosyltransferase
H: Probable uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3666
ポリマ－96,7174
非ポリマー6482
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area32100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.100, 73.570, 115.100
Angle α, β, γ (deg.)85.82, 85.28, 62.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Probable uracil phosphoribosyltransferase / UMP pyrophosphorylase / UPRTase


分子量: 24179.348 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: upp / プラスミド: pUHE23-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NF1830 / 参照: UniProt: Q980Q4, uracil phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.133 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月10日 / 詳細: Bent mirror
放射モノクロメーター: Si(III) single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.133 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 55389 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 50.8 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 4840 / Rsym value: 0.397 / % possible all: 79.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Sulfolobus solfataricus UPRTase PDB ID 1XTT

1xtt


解像度: 2.6→25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1438 -Random
Rwork0.227 ---
obs-55369 91.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13560 0 84 0 13644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.034
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 117 -
Rwork0.358 --
obs-4669 78.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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