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- PDB-1xtm: Crystal structure of the double mutant Y88H-P104H of a SOD-like p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xtm
タイトルCrystal structure of the double mutant Y88H-P104H of a SOD-like protein from Bacillus subtilis.
要素Hypothetical superoxide dismutase-like protein yojM
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / SOD / Cu-Zn SOD / SOD-like / superoxide dismutase mutants
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase-like protein YojM
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Calderone, V. / Mangani, S. / Banci, L. / Benvenuti, M. / Bertini, I. / Fantoni, A. / Viezzoli, M.S.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: From an Inactive Prokaryotic SOD Homologue to an Active Protein through Site-Directed Mutagenesis.
著者: Banci, L. / Benvenuti, M. / Bertini, I. / Cabelli, D.E. / Calderone, V. / Fantoni, A. / Mangani, S. / Migliardi, M. / Viezzoli, M.S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: A prokaryotic superoxide dismutase paralog lacking two Cu ligands: from largely unstructured in solution to ordered in the crystal.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Calderone, V. / Cramaro, F. / Del Conte, R. / Fantoni, A. / Mangani, S. / Quattrone, A. / Viezzoli, M.S.
履歴
登録2004年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Hypothetical superoxide dismutase-like protein yojM
A: Hypothetical superoxide dismutase-like protein yojM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9649
ポリマ－37,5102
非ポリマー4547
水4,071226
1
B: Hypothetical superoxide dismutase-like protein yojM
ヘテロ分子

A: Hypothetical superoxide dismutase-like protein yojM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9649
ポリマ－37,5102
非ポリマー4547
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_547-x+1/2,y-1/2,-z+21
Buried area1300 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area13760 Å2
手法PISA
2
A: Hypothetical superoxide dismutase-like protein yojM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8843
ポリマ－18,7551
非ポリマー1292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: Hypothetical superoxide dismutase-like protein yojM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0806
ポリマ－18,7551
非ポリマー3255
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.462, 104.350, 58.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The protein is a monomer in vivo but there are two molecules.

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical superoxide dismutase-like protein yojM


分子量: 18754.797 Da / 分子数: 2 / 変異: Y67H, P83H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP1 / 参照: UniProt: O31851
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Na Acetate, 30% PEG4000, 0.2M Ammonium Sulphate, 1mM ZnCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.2768 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月20日 / 詳細: Double crystal focussing mono chromator
放射モノクロメーター: Double crystal focussing mono chromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2768 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→28.8 Å / Num. all: 43173 / Num. obs: 43173 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 21.907 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 6245 / Rsym value: 0.478 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S4I

1s4i


解像度: 1.6→25.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 2.43 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26628 3320 7.7 %RANDOM
Rwork0.25279 ---
all0.25381 39853 --
obs0.25381 39853 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.866 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å20 Å20 Å2
2--2.06 Å20 Å2
3----0.7 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.084 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→25.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2274 0 7 226 2507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8021.9313138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg17.2085303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.98225.439114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.56415369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21502
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2350.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1210.211
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1831.51544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66222372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3463850
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5124.5766
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.78137
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 243 -
Rwork0.416 2927 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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