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- PDB-1xt5: Crystal Structure of VCBP3, domain 1, from Branchiostoma floridae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xt5
タイトルCrystal Structure of VCBP3, domain 1, from Branchiostoma floridae
要素variable region-containing chitin-binding protein 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / innate immunity / vcbp / primordial antigen receptor / florida lancelet / amphioxus
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Hernandez Prada, J.A. / Haire, R.N. / Cannon, J.P. / Allaire, M. / Jakoncic, J. / Stojanoff, V. / Litman, G.W. / Ostrov, D.A.
引用
ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2006
タイトル: Ancient evolutionary origin of diversified variable regions demonstrated by crystal structures of an immune-type receptor in amphioxus.
著者: Haire, R.N. / Allaire, M. / Jakoncic, J. / Stojanoff, V. / Cannon, J.P. / Litman, G.W. / Ostrov, D.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of VCBP3 from Branchiostoma floridae.
著者: Hernandez Prada, J.A. / Haire, R.N. / Cannon, J.P. / Litman, G.W. / Ostrov, D.A.
履歴
登録2004年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: variable region-containing chitin-binding protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8942
ポリマ－14,7971
非ポリマー961
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.191, 59.191, 79.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1143-

HOH

21A-1191-

HOH

詳細biological unit unknown

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要素

#1: タンパク質 variable region-containing chitin-binding protein 3


分子量: 14797.479 Da / 分子数: 1
断片: sequence database residues 16-150: contains immunoglobulin like region (residues 33-146)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
遺伝子: VCBP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I9N0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.708 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.2-1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M NaCl, 0.1 M tris-HCl (or HEPES), 12% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.8 / 波長: 0.9796, 0.97908, 0.95007
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月13日
詳細: Oxford Danfysik toroidal focusing mirror, Si(111) channel cut monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.81
20.97961
30.979081
40.950071
反射解像度: 1.15→30 Å / Num. all: 57420 / Num. obs: 57420 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 59.3
反射 シェル解像度: 1.15→1.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 1898 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.15→20 Å / Num. parameters: 11572 / Num. restraintsaints: 13947 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ~3%.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1434 5835 11.3 %RANDOM
Rwork0.1269 ---
all0.1277 51693 --
obs0.1277 51693 89.8 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 904.7 / Occupancy sum non hydrogen: 1214.85
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1057 0 5 223 1285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0318
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.1
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.115
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.15-1.20.147X-RAY DIFFRACTION6132100
1.2-1.40.118X-RAY DIFFRACTION16692100
1.4-1.60.103X-RAY DIFFRACTION9457100
1.6-1.810.101X-RAY DIFFRACTION5898100
1.81-20.11X-RAY DIFFRACTION3449100
2-200.15X-RAY DIFFRACTION10065100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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