+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xsv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray crystal structure of conserved hypothetical UPF0122 protein SAV1236 from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 | ||||||
要素 | Hypothetical UPF0122 protein SAV1236 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / helix-turn-helix / putative DNA-binding protein / signal recognition particle / UPF0122 | ||||||
機能・相同性 | Putative helix-turn-helix protein, YlxM/p13-like / Putative helix-turn-helix protein, YlxM / p13 like / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / UPF0122 protein SAV1236 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Walker, J.R. / Xu, X. / Virag, C. / McDonald, M.-L. / Houston, S. / Buzadzija, K. / Vedadi, M. / Dharamsi, A. / Fiebig, K.M. / Savchenko, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: 1.7 Angstrom Crystal Structure of Conserved Hypothetical UPF0122 Protein SAV1236 From Staphylococcus aureus 著者: Walker, J.R. / Xu, X. / Virag, C. / McDonald, M.-L. / Houston, S. / Buzadzija, K. / Vedadi, M. / Dharamsi, A. / Fiebig, K.M. / Savchenko, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xsv.cif.gz | 59.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1xsv.ent.gz | 47.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xsv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/1xsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/1xsv | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a dimer, consisting of Chains A and B. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13972.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 生物種: Staphylococcus aureus / 株: subsp. aureus / 遺伝子: SAV1236 / プラスミド: pPW2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P67248 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium Acetate, 2.0M Ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97936 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97936 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→32 Å / Num. all: 24963 / Num. obs: 24963 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.68 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→32.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1237412.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.5857 Å2 / ksol: 0.409932 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.1 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.54 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|