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- PDB-1xsd: Crystal structure of the BlaI repressor in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xsd
タイトルCrystal structure of the BlaI repressor in complex with DNA
要素
  • 5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*TP*A)-3'
  • penicillinase repressor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / winged helix protein / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of gene expression / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Penicillinase repressor fold / Penicillinase repressor domain / BlaI transcriptional regulatory family / Penicillinase repressor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Penicillinase repressor / Beta-lactamase repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Safo, M.K. / Ko, T.-P. / Musayev, F.N. / Zhao, Q. / Robinson, H. / Scarsdale, N. / Wang, A.H.-J. / Archer, G.L.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of the BlaI repressor from Staphylococcus aureus and its complex with DNA: insights into transcriptional regulation of the bla and mec operons
著者: Safo, M.K. / Zhao, Q. / Ko, T.-P. / Musayev, F.N. / Robinson, H. / Scarsdale, N. / Wang, A.H.-J. / Archer, G.L.
履歴
登録2004年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*TP*A)-3'
A: penicillinase repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8852
ポリマ－19,8852
非ポリマー00
水3,261181
1
B: 5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*TP*A)-3'
A: penicillinase repressor

B: 5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*TP*A)-3'
A: penicillinase repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7694
ポリマ－39,7694
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.141, 72.141, 243.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-302-

HOH

21B-305-

HOH

31A-301-

HOH

41A-303-

HOH

51A-304-

HOH

詳細the second part of the dimer is generated by the two-fold symmetry operator of (-x, -y, z)

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*TP*A)-3' / mec operator DNA


分子量: 4896.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 penicillinase repressor / beta-lactamase repressor


分子量: 14988.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: PET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q6UB84, UniProt: P0A042*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, ethylene glycol, magnesium chloride, sodium HEPES, potasssium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月5日
放射モノクロメーター: CHANNEL-CUT SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 9291 / Num. obs: 9285 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 44
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 901 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OKR

1okr


解像度: 2.7→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The 16 nucleotide DNA model in this structure represents an average of the 32 base-pair DNA used in crystallization. (Used the 32 base-pair DNA of 5'-GACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTA-3' and ...詳細: The 16 nucleotide DNA model in this structure represents an average of the 32 base-pair DNA used in crystallization. (Used the 32 base-pair DNA of 5'-GACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTA-3' and 5'-TACTACATTTGTAATATACTACAAATGTAGTC-3') It contains phosphate groups at both 5' and 3' ends. There are a number of wide solvent channels in this crystal. In the void volume between the protein-DNA complex molecules some spiral densities are modeled as strings of water molecules. These are possibly a result of residuals of the averaged model of the DNA. It is also possible that this void volume may host some DNA molecules with low occupancies.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 496 -RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.238 9291 --
obs0.237 9023 97.1 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1042 328 0 181 1551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.528 34 -
Rwork0.405 --
obs--91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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