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- PDB-1xrx: Crystal structure of a DNA-binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xrx
タイトルCrystal structure of a DNA-binding protein
要素SeqA protein
キーワードREPLICATION INHIBITOR / Protein filament / Left-handed helix / DNA replication inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


SeqA-DNA complex / nucleoid organization / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / sister chromatid cohesion / DNA replication origin binding / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / response to radiation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity ...SeqA-DNA complex / nucleoid organization / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / sister chromatid cohesion / DNA replication origin binding / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / response to radiation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Negative modulator of initiation of replication SeqA / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA, N-terminal / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain superfamily / SeqA protein C-terminal domain / SeqA protein N-terminal domain / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix
類似検索 - ドメイン・相同性
Negative modulator of initiation of replication / Negative modulator of initiation of replication
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Guarne, A. / Brendler, T. / Zhao, Q. / Ghirlando, R. / Austin, S. / Yang, W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a SeqA-N filament: implications for DNA replication and chromosome organization.
著者: Guarne, A. / Brendler, T. / Zhao, Q. / Ghirlando, R. / Austin, S. / Yang, W.
履歴
登録2004年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年3月6日Group: Other
Remark 295NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON- ...NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS M 1 A 1 .. 50 C 1 .. 50 M 2 B 1 .. 50 D 1 .. 50 WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAINS ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAINS (2 DIMERS). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). The asymmetric unit contains two dimers that form a linear polymer representing the known biologically significant oligomerization state of the molecule by applying the non-crystallographic and crystallographic operations given in remarks 295 and 350 and the MTRIX records below.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SeqA protein
B: SeqA protein
C: SeqA protein
D: SeqA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8215
ポリマ－22,7814
非ポリマー401
水3,153175
1
A: SeqA protein
B: SeqA protein
C: SeqA protein
D: SeqA protein
ヘテロ分子

A: SeqA protein
B: SeqA protein
C: SeqA protein
D: SeqA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,64210
ポリマ－45,5618
非ポリマー802
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_546y,x-1,-z+11
2
A: SeqA protein
B: SeqA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4303
ポリマ－11,3902
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: SeqA protein
D: SeqA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3902
ポリマ－11,3902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.179, 112.179, 62.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-98-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2795, 0.4208, -0.863), (0.4287, 0.7496, 0.5043), (0.8591, -0.511, 0.0292)
ベクター: 81.1193, -15.3445, -17.4673)
詳細Structural Assembly: dimer. Two monomers are related by a dyad axis. The a.s.u. contains two of these dimers (AB and CD molecules) / Biological Assembly: filament. Adjacent dimers are related by a dyad axis (perpendicular to the filament) and a four-fold screw axis (parallel to the filament axis)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
SeqA protein


分子量: 5695.182 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: seqA / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P36658, UniProt: P0AFY8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: MPD, calcium chloride, TRIS, isopropanol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9B10.97938, 0.96859, 0.98241
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2003年3月4日
RIGAKU RAXIS2IMAGE PLATE2003年3月24日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Two Si crystalsMADMx-ray1
2Yale mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979381
20.968591
30.982411
41.54181
反射解像度: 2.15→25 Å / Num. all: 24769 / Num. obs: 24398 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.7 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1200 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 84.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→24.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1242499.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1665 6.8 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.223 24736 --
obs-24365 98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.1499 Å2 / ksol: 0.346944 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.23 Å2-2.74 Å20 Å2
2---10.23 Å20 Å2
3---20.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.32 Å
Luzzati d res low-25 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→24.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1144 0 1 175 1320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.61
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.082.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.475 254 6.8 %
Rwork0.438 3491 -
obs-3001 91.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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