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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xru | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of 5-keto-4-deoxyuronate Isomerase from Eschericia coli | ||||||
要素 | 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / BETA BARREL / CUPIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase / 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase activity / D-galacturonate catabolic process / D-glucuronate catabolic process / glucose-6-phosphate isomerase activity / pectin catabolic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Crowther, R.L. / Georgiadis, M.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2005 タイトル: The crystal structure of 5-keto-4-deoxyuronate isomerase from Escherichia coli 著者: Crowther, R.L. / Georgiadis, M.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Author states that the C-terminal differences from database sequence is a neutral ...SEQUENCE Author states that the C-terminal differences from database sequence is a neutral designation. The C-terminal sequence reported here is indeed correct for the gene that was cloned and for protein that was crystallized. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xru.cif.gz | 129.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xru.ent.gz | 107.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xru.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1xru_validation.pdf.gz | 450.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1xru_full_validation.pdf.gz | 456.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1xru_validation.xml.gz | 26.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1xru_validation.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/1xru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/1xru | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y, z and y-x, -x, z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31874.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: kduI / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 参照: UniProt: Q46938, 5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: PEG 400, calcium chloride, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.980122, 0.979634, 0.979538 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月15日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 51624 / Num. obs: 51573 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 9 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 5124 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.94→12.97 Å / Isotropic thermal model: OVERALL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.6 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.2 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→12.97 Å
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拘束条件 |
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