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- PDB-1xru: Crystal Structure of 5-keto-4-deoxyuronate Isomerase from Escheri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xru
タイトルCrystal Structure of 5-keto-4-deoxyuronate Isomerase from Eschericia coli
要素4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
キーワードISOMERASE / BETA BARREL / CUPIN
機能・相同性
機能・相同性情報


5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase / 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase activity / D-galacturonate catabolic process / D-glucuronate catabolic process / glucose-6-phosphate isomerase activity / pectin catabolic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
pectin degrading enzyme 5-keto 4- deoxyuronate isomerase, domain 1 / 5-keto 4-deoxyuronate isomerase / 5-keto-4-deoxyuronate isomerase, N-terminal / KduI/IolB isomerase / KduI/IolB family / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Crowther, R.L. / Georgiadis, M.M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of 5-keto-4-deoxyuronate isomerase from Escherichia coli
著者: Crowther, R.L. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2004年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Author states that the C-terminal differences from database sequence is a neutral ...SEQUENCE Author states that the C-terminal differences from database sequence is a neutral designation. The C-terminal sequence reported here is indeed correct for the gene that was cloned and for protein that was crystallized.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
B: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3566
ポリマ－63,7492
非ポリマー6074
水8,233457
1
A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
B: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
ヘテロ分子

A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
B: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
ヘテロ分子

A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
B: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,06918
ポリマ－191,2476
非ポリマー1,82212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
手法PQS
2
A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
ヘテロ分子

B: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3566
ポリマ－63,7492
非ポリマー6074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.972, 102.972, 176.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y, z and y-x, -x, z.

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要素

#1: タンパク質 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase / 5-keto-4-deoxyuronate isomerase / DKI isomerase


分子量: 31874.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: kduI / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: Q46938, 5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 400, calcium chloride, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.980122, 0.979634, 0.979538
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月15日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9801221
20.9796341
30.9795381
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 51624 / Num. obs: 51573 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 5124 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.94→12.97 Å / Isotropic thermal model: OVERALL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 2562 -RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.165 51768 --
obs0.165 51449 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.61 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→12.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4374 0 34 457 4865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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