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- PDB-1xrk: Crystal structure of a mutant bleomycin binding protein from Stre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xrk
タイトルCrystal structure of a mutant bleomycin binding protein from Streptoalloteichus hindustanus displaying increased thermostability
要素Bleomycin resistance protein
キーワードANTIBIOTIC INHIBITOR / Arm exchange / Ligand binding protein / Thermostable mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Glyoxalase superfamily protein / Bleomycin resistance protein / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BLEOMYCIN A2 / Bleomycin resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptoalloteichus hindustanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Brouns, S.J.J. / Wu, H. / Akerboom, J. / Turnbull, A.P. / de Vos, W.M. / Van der Oost, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Engineering a selectable marker for hyperthermophiles
著者: Brouns, S.J.J. / Wu, H. / Akerboom, J. / Turnbull, A.P. / de Vos, W.M. / van der Oost, J.
履歴
登録2004年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bleomycin resistance protein
B: Bleomycin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9607
ポリマ－27,8392
非ポリマー3,1215
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.983, 66.617, 47.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains a biological dimer.

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要素

#1: タンパク質 Bleomycin resistance protein / Bleomycin binding protein / BRP / Phleomycin resistance protein


分子量: 13919.370 Da / 分子数: 2 / 変異: G18E, D32V, L63Q, G98V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptoalloteichus hindustanus (バクテリア)
遺伝子: shble / プラスミド: pET26b, pRIL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17493
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BLM / BLEOMYCIN A2 / N1-[3-(DIMETHYLSULFONIO)-PROPYL]BLEOMYCINAMIDE


分子量: 1416.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H85N17O21S3 / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9083 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月3日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9083 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 87740 / Num. obs: 36444 / % possible obs: 94.4 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1714 / Rsym value: 0.189 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JIE

1jie


解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.586 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19425 1840 5.1 %RANDOM
Rwork0.17403 ---
obs0.17508 34580 94.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å2-0.23 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1883 0 197 288 2368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222135
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6642.022937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.43234211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0355239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23724.02197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.06515273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9841514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.21888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9361.51240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.191.5494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32821943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.93331129
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8184.5994
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 116 -
Rwork0.196 2384 -
obs--87.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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