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- PDB-1xr9: Crystal Structures of HLA-B*1501 in Complex with Peptides from Hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xr9
タイトルCrystal Structures of HLA-B*1501 in Complex with Peptides from Human UbcH6 and Epstein-Barr Virus EBNA-3
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-15 alpha chain
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
キーワードIMMUNE SYSTEM/Ligase / major histocompatibility antigen / MHC / HLA / HLA-B62 / HLA-B*1501 / complex (antigen-peptide) / IMMUNE SYSTEM-Ligase COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15 transferase activity / ISG15-protein conjugation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / Phosphorylation of the APC/C / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation ...ISG15 transferase activity / ISG15-protein conjugation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / Phosphorylation of the APC/C / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / TAP binding / Transcriptional Regulation by VENTX / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / protein monoubiquitination / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / ubiquitin ligase complex / detection of bacterium / protein K48-linked ubiquitination / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / : / : / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / cellular response to iron ion / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / HFE-transferrin receptor complex / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / ISG15 antiviral mechanism / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / protein polyubiquitination / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / ubiquitin-protein transferase activity / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / Separation of Sister Chromatids / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / DAP12 signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like ...Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UREA / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.788 Å
データ登録者Roder, G. / Blicher, T. / Johannessen, B.R. / Kristensen, O. / Buus, S. / Gajhede, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of two peptide-HLA-B*1501 complexes; structural characterization of the HLA-B62 supertype
著者: Roder, G. / Blicher, T. / Justesen, S. / Johannesen, B. / Kristensen, O. / Kastrup, J. / Buus, S. / Gajhede, M.
履歴
登録2004年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-15 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9537
ポリマ－44,6083
非ポリマー3444
水10,719595
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.359, 81.389, 109.969
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-15 alpha chain / MHC class I antigen B*15 / HLA-B*1501


分子量: 31958.195 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-276 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-Bw62.1 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30464, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / HDCMA22P


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 / Ubiquitin-protein ligase E1 / Ubiquitin carrier protein E1 / UbcH6


分子量: 902.046 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 83-91 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICAL SYNTHESIS / 参照: UniProt: P51965, ubiquitin-protein ligase

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非ポリマー , 4種, 599分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M NH4Ac, 0.1M tri-Sodium Citrate dihydrate, pH 5.6, 30% w/v PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8414 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月20日
放射モノクロメーター: Bent Single-Crystal Germanium Triangular Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8414 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.776→31.654 Å / Num. obs: 43204 / % possible obs: 97.44 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.78→1.87 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. measured all: 19646 / Num. unique all: 19646 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 83.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: B*1501/LEKARGSTY Complex without Peptide

解像度: 1.788→19.083 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.224 / WRfactor Rwork: 0.172 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23151 2172 5.027 %RANDOM
Rwork0.17695 ---
all0.18 43303 --
obs0.17968 41032 94.756 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 20.306 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.788→19.083 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3147 0 20 595 3762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0213422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4371.9284667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0045410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73223.224183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.85515545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4081533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22267
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9731.52081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49823291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.35431554
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7494.51376
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.788-1.8340.2681530.2262786315093.302
1.834-1.8840.2481460.2022896306399.314
1.884-1.9380.2331320.1932842300399.034
1.938-1.9970.2551410.1832769291699.794
1.997-2.0620.2521460.1752619277699.604
2.062-2.1330.2711350.182611275399.746
2.133-2.2130.2211370.1792500264399.773
2.213-2.3020.2171400.1762392253699.842
2.302-2.4020.2721280.1823392467100
2.402-2.5180.241260.18222202346100
2.518-2.6510.2481100.17921292239100
2.651-2.8090.267950.18720232118100
2.809-2.9980.227960.17818931989100
2.998-3.2320.1881010.17617811882100
3.232-3.530.221950.16216401735100
3.53-3.930.212890.15515021591100
3.93-4.5060.215600.14513571417100
4.506-5.4430.212520.15711741226100
5.443-7.4030.255540.214943997100
7.403-19.0830.195360.21361665399.847

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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