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- PDB-1xr4: X-ray crystal structure of putative citrate lyase alpha chain/cit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xr4
タイトルX-ray crystal structure of putative citrate lyase alpha chain/citrate-ACP transferase [Salmonella typhimurium]
要素putative citrate lyase alpha chain/citrate-ACP transferase
キーワードHYDROLASE/TRANSFERASE / The Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / structural genomics / protein structure initiative / PSI / citrate lyase / HYDROLASE-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate CoA-transferase / citrate CoA-transferase activity / ATP-independent citrate lyase complex / citrate (pro-3S)-lyase / citrate (pro-3S)-lyase activity / acetyl-CoA metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Citrate lyase, alpha subunit / Citrate lyase, alpha subunit (CitF) / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / NagB/RpiA transferase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Citrate lyase alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Quartey, P. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of putative citrate lyase alpha chain/citrate-ACP transferase from Salmonella typhimurium.
著者: Osipiuk, J. / Quartey, P. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2004年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL MOLECULE FOR THE PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative citrate lyase alpha chain/citrate-ACP transferase
B: putative citrate lyase alpha chain/citrate-ACP transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8922
ポリマ－110,8922
非ポリマー00
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area36320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.374, 116.701, 189.694
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 putative citrate lyase alpha chain/citrate-ACP transferase


分子量: 55445.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: CitF / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZRY1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Tris_HCl, PEG 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979565 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月27日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→40 Å / Num. all: 53458 / Num. obs: 49002 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 13.34
反射 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique all: 2256 / % possible all: 51.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.37→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / SU B: 11.417 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The test data set was not used in last round of refinement. The deposited pdb file is from the last round of refinement. R-factor-obs and R- ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The test data set was not used in last round of refinement. The deposited pdb file is from the last round of refinement. R-factor-obs and R-factor-all correspond to deposited file. R-factor-work and R-factor-free are taken from second to last round of refinement which used test data set.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 1990 -RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.1908 48980 --
obs0.19084 46990 91.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.72 Å20 Å20 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3----3.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7654 0 0 287 7941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227772
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4021.95810530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.31551010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50824.327342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.232151326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9341558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.23457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.25332
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.280.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8461.55120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2728034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17832908
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4044.52496
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.373→2.435 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 69 -
Rwork0.282 2008 -
obs-1939 51.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1515-0.00760.19560.7248-0.57231.18610.02810.01190.0167-0.0568-0.022-0.01660.079-0.0545-0.0061-0.03640.02170.0048-0.0573-0.0029-0.045532.484258.48538.2098
20.2653-0.15930.08230.3056-0.21221.43170.0327-0.0499-0.01950.0864-0.0368-0.057-0.0958-0.11090.0041-0.0295-0.0196-0.0292-0.0345-0.0037-0.073833.918254.510281.3463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA39 - 50542 - 508
2X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 384 - 41
3X-RAY DIFFRACTION2AA1 - 384 - 41
4X-RAY DIFFRACTION2BB39 - 50542 - 508

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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