[日本語] English
万見
- PDB-1xr2: Crystal Structure of oxidized T. maritima Cobalamin-Independent M... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xr2
タイトルCrystal Structure of oxidized T. maritima Cobalamin-Independent Methionine Synthase complexed with Methyltetrahydrofolate
要素5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TIM barrel / zinc / homocysteine / methyltetrahydrofolate
機能・相同性
機能・相同性情報


5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase / 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / methylation / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Cobalamin-independent methionine synthase / Cobalamin-independent methionine synthase MetE, N-terminal / Cobalamin-independent synthase, N-terminal domain / Cobalamin-independent methionine synthase MetE, C-terminal/archaeal / Cobalamin-independent synthase, Catalytic domain / TIM Barrel - #210 / UROD/MetE-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / MESO-ERYTHRITOL / 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Pejchal, R. / Ludwig, M.L.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2005
タイトル: Cobalamin-independent methionine synthase (MetE): a face-to-face double barrel that evolved by gene duplication
著者: Pejchal, R. / Ludwig, M.L.
履歴
登録2004年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase
B: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,0348
ポリマ－178,6782
非ポリマー1,3556
水4,288238
1
A: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0174
ポリマ－89,3391
非ポリマー6783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0174
ポリマ－89,3391
非ポリマー6783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.058, 159.011, 64.543
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The asymmetric unit contains two biological molecules

-
要素

#1: タンパク質 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase / Methionine synthase / vitamin-B12 independent isozyme / Cobalamin-independent methionine synthase


分子量: 89339.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: metE / プラスミド: PET151D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)STAR
参照: UniProt: Q9X112, 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-C2F / 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / (6S)-5-メチルテトラヒドロ葉酸


分子量: 459.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O6
#4: 化合物 ChemComp-MRY / MESO-ERYTHRITOL / エリスリト-ル


分子量: 122.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: vapor batch, under oil / pH: 5.2
詳細: PEG 4000, SODIUM ACETATE, AMMONIUM SULFATE, pH 5.2, VAPOR BATCH, UNDER OIL, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 4.6 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein11
225 %PEG400011
30.2 Mammonium sulfate11
40.1 Msodium acetate11pH4.6
512 %PEG400012
60.2 Mammonium sulfate12
70.1 Msodium acetate12pH4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→19.95 Å / Num. all: 71086 / Num. obs: 69289 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.84 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 11.54
反射 シェル解像度: 2.35→2.54 Å / 冗長度: 4.54 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 10923 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3776464.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 3465 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 69289 97.5 %-
all-71086 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.5336 Å2 / ksol: 0.325769 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.47 Å20 Å20 Å2
2--2.48 Å20 Å2
3----3.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11175 0 92 238 11505
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.752.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 575 5 %
Rwork0.257 10923 -
obs--98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2NATFOLB.PARAMNATFOLB.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.752.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る